Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNA

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm
Công nghệ mRNA Seq khá đơn giản gồm 3 bước phá nhỏ mRNA hoặc cDNA, tổng hợp cDNA từ mRNA và gắn linker. Trật tự 3 bước này có thể đảo chỗ cho nhau như trường hợp a, b và c.
  • Công nghệ giải mã hiện giờ mỗi một phản ứng giải trình tự gene thường được khoảng 800 - 1000 nucleotide. Bằng cách giải mã từng BAC clones theo hướng short-gun thì một dự án giải mã genome lớn như lúa hay người mất đến vài năm.
  • Các nhà khoa học đã cho ra đời một công nghệ giải mã mới (454 của 454 Life Sciences, Solexa của Illumina và SOLiD của ABI) có thể cùng một lúc chạy từ vài trăm ngàn cho đến chục triệu trình tự trong 1 phản ứng. Tuy nhiên, những trình tự kết quả này chỉ có kích thước từ vài chục nucleotide (Solexa và SOLiD) hoặc khoảng 400 nucleotide (công nghệ 454). Các trình tự ngắn này sẽ được nối thành một trình tự liên tục bằng thuật toán tin sinh học. Điều này đã mở ra một kỷ nguyên mới để một lab sinh học phân tử trung bình có thể giải mã một genome của một sinh vật mới chỉ trong vài tuần với chi phí vào khoảng vài ngàn USD.
  • Bài báo trên Nature mới đăng đã ứng dụng công nghệ giải mã thế hệ mới trên cho trường hợp mRNA. Ý tưởng này có thể thay thế công nghệ dựng ngân hàng EST cổ điển hoặc thậm chí kỹ thuật microarray hiện đang thịnh hành.
  • Công nghệ này gọi là mRNA-Seq đã được thử nghiệm xây dựng transcriptomes trên Saccharomyces pombe 1, Saccharomyces cerevisiae[1], Arabidopsis thaliana[2] và chuột[3], [4]. Đáng chú ý là công trình trên S. pombe [5] đã giải mã 122 triệu trình tự có kích thước cỡ 39bp, những trình tự nhỏ này khi được tổ hợp lại thì chiếm gần 5Gb nghĩa là gấp 250 lần hệ genome của sinh vật này.
  • Công nghệ mRNA-Seq được cho rằng có thể nhận diện gene đã biết, khám phá gene mới, xác định vị trí các intron 1, khám phá các mô hình tổ hợp mRNA (mRNA splicing)[3],[4] và thậm chí có thể định lượng mRNA[2].

Tài liệu tham khảo

  1. Nagalakshmi, U. et al. Science doi: 10.1126/science.1158441 (2008).
  2. 2,0 2,1 Lister, R. et al. Cell 133, 523–536 (2008).
  3. 3,0 3,1 Mortazavi, A., Williams, B. A., McCue, K., Schaeffer, L. & Wold, B. Nature Methods doi: 10.1038/nmeth.1226 (2008).
  4. 4,0 4,1 Cloonan, N. et al. Nature Methods doi: 10.1038/nmeth.1223 (2008).
  5. Wilhelm, B. T. et al. Nature 453, 1239–1243 (2008).

Nguồn

Liên kết đến đây