Dữ liệu DNA hiện có về Rùa/2

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

2. Có tất cả 69 loài thuộc bộ Testudines (mà không phải họ Trionychidae) có các trình tự của cả 3 gen: cytb, 16SrRNA, nd4: Danh mục 69 loài như sau:

  1. Acanthochelys pallidipectoris
  2. Acanthochelys radiolata
  3. Acanthochelys spixii
  4. Astrochelys radiata
  5. Astrochelys yniphora
  6. Batagur dhongoka
  7. Batagur kachuga
  8. Caretta caretta
  9. Carettochelys insculpta
  10. Chelonia mydas
  11. Chelonoidis chilensis
  12. Chelus fimbriata
  13. Chelydra serpentina
  14. Chinemys reevesi
  15. Chrysemys picta
  16. Cuora amboinensis
  17. Cuora aurocapitata
  18. Cuora flavomarginata
  19. Cuora galbinifrons
  20. Cuora pani
  21. Cuora trifasciata
  22. Cuora zhoui
  23. Cyclemys atripons
  24. Dipsochelys arnoldi
  25. Dipsochelys dussumieri
  26. Emys orbicularis
  27. Eretmochelys imbricata
  28. Erymnochelys madagascariensis
  29. Geochelone carbonaria
  30. Geochelone denticulata
  31. Geochelone elegans
  32. Geochelone nigra
  33. Geochelone sulcata
  34. Geoemyda spengleri
  35. Gopherus polyphemus
  36. Indotestudo elongata
  37. Kachuga tecta
  38. Kachuga tentoria tentoria
  39. Kinosternon leucostomum
  40. Lepidochelys kempii
  41. Lepidochelys olivacea
  42. Macrochelys temminckii
  43. Malayemys subtrijuga
  44. Manouria impressa
  45. Mauremys annamensis
  46. Mauremys caspica
  47. Mauremys japonica
  48. Mauremys leprosa
  49. Mauremys mutica
  50. Mauremys reevesii
  51. Mauremys rivulata
  52. Melanochelys trijuga
  53. Pelomedusa subrufa
  54. Peltocephalus dumeriliana
  55. Pelusios castaneus
  56. Pelusios sinuatus
  57. Phrynops gibbus
  58. Platemys platycephala
  59. Platysternon megacephalum
  60. Podocnemis expansa
  61. Psammobates pardalis
  62. Pyxidea mouhotii
  63. Pyxis arachnoides
  64. Pyxis planicauda
  65. Sacalia quadriocellata
  66. Testudo hermanni
  67. Testudo horsfieldii
  68. Testudo marginata
  69. Trachemys scripta

Vị trí của 69 loài này trong phân loại của bộ Rùa: Các loài có đủ các trình tự của 3 gen có đuôi (Chọn?) ở phía sau tên loài

  1. Bộ Testudines (turtles)
   * Phân bộ Cryptodira (hidden-necked turtles)
         o Siêu họ Chelonioidea
               + Họ Cheloniidae (sea turtles)
                     # Chi Caretta
                           * Caretta caretta (Loggerhead turtle)(Chọn?)
                     # Caretta caretta x Lepidochelys kempii
                     # Chi Chelonia
                           * Chelonia mydas (green seaturtle)(Chọn?)
                     # Chi Eretmochelys
                           * Eretmochelys imbricata (hawksbill turtle)(Chọn?)
                     # Eretmochelys imbricata x Caretta caretta
                     # Eretmochelys imbricata x Chelonia mydas
                     # Eretmochelys imbricata x Lepidochelys olivacea
                     # Chi Lepidochelys
                           * Lepidochelys kempii (Atlantic ridley)(Chọn?)
                           * Lepidochelys olivacea (Pacific ridley)(Chọn?)
                           * Lepidochelys sp.
                     # Chi Natator
                           * Natator depressa
               + Họ Dermochelyidae (leatherback turtles)
                     # Chi Dermochelys
                           * Dermochelys coriacea
         o Siêu họ Testudinoidea
               + Họ Chelydridae (snapping turtles)
                     # Chi Chelydra
                           * Chelydra serpentina (snapping turtle)(Chọn?)
                     # Chi Macrochelys
                           * Macrochelys temminckii(Chọn?)
                     # Chi Platysternon
                           * Platysternon megacephalum (big-headed turtle)(Chọn?)
               + Họ Emydidae (terrapins)
                     # Chi Actinemys
                           * Actinemys marmorata
                     # Chi Chrysemys
                           * Chrysemys picta (painted turtle)(Chọn?)
                           * Chrysemys scripta
                           * Chrysemys sp. JM-2004
                     # Chi Clemmys
                           * Clemmys guttata
                           * Clemmys japonica
                           * Clemmys marmorata
                     # Chi Deirochelys
                           * Deirochelys reticularia
                     # Chi Emydoidea
                           * Emydoidea blandingii (Blanding's turtle)
                     # Chi Emys
                           * Emys orbicularis (European pond turtle)(Chọn?)
                           * Emys trinacris
                     # Chi Glyptemys
                           * Glyptemys insculpta
                           * Glyptemys muhlenbergii
                     # Chi Graptemys
                           * Graptemys barbouri
                           * Graptemys caglei
                           * Graptemys ernsti
                           * Graptemys flavimaculata
                           * Graptemys geographica (map turtle)
                           * Graptemys gibbonsi
                           * Graptemys nigrinoda
                           * Graptemys oculifera
                           * Graptemys ouachitensis
                           * Graptemys pseudogeographica
                           * Graptemys pulchra
                           * Graptemys versa
                     # Chi Malaclemys
                           * Malaclemys terrapin
                     # Chi Pseudemys
                           * Pseudemys alabamensis
                           * Pseudemys concinna
                           * Pseudemys gorzugi
                           * Pseudemys nelsoni
                           * Pseudemys peninsularis
                           * Pseudemys rubriventris
                           * Pseudemys suwanniensis
                           * Pseudemys texana
                     # Chi Terrapene
                           * Terrapene carolina
                           * Terrapene coahuila
                           * Terrapene nelsoni
                           * Terrapene ornata
                     # Chi Trachemys
                           * Trachemys callirostris
                           * Trachemys decorata
                           * Trachemys decussata
                           * Trachemys dorbigni
                           * Trachemys gaigeae
                           * Trachemys ornata (Ornate slider)
                           * Trachemys scripta (red-eared slider turtle)(Chọn?)
                           * Trachemys stejnegeri
                           * Trachemys terrapen
                           * Trachemys venusta
               + Họ Geoemydidae
                     # Phân họ Batagurinae
                           * Chi Batagur: Batagur dhongoka(Chọn?); Batagur kachuga(Chọn?)
                           * Chi Chinemys: Chinemys reevesi(Chọn?)
                           * Chi Geoclemys
                           * Chi Hardella
                           * Chi Kachuga: Kachuga tecta(Chọn?); Kachuga tentoria tentoria
                           * Chi Malayemys: Malayemys subtrijuga(Chọn?)
                           * Chi Morenia
                           * Chi Ocadia
                           * Chi Orlitia
                     # Phân họ Geoemydinae
                           * Chi Cuora: Cuora amboinensis(Chọn?); Cuora aurocapitata(Chọn?); Cuora flavomarginata(Chọn?); Cuora galbinifrons(Chọn?); Cuora pani(Chọn?); Cuora trifasciata(Chọn?); Cuora zhoui(Chọn?)
                           * Chi Cyclemys (Asian leaf turtles): Cyclemys atripons(Chọn?)
                           * Chi Geoemyda: Geoemyda spengler(Chọn?)
                           * Chi Heosemys
                           * Chi Leucocephalon
                           * Chi Mauremys: Mauremys annamensis(Chọn?); Mauremys caspica(Chọn?); Mauremys japonica(Chọn?); Mauremys leprosa(Chọn?); Mauremys mutica(Chọn?);  Mauremys reevesii(Chọn?); Mauremys rivulata(Chọn?)
                           * Chi Melanochelys: Melanochelys trijuga(Chọn?)
                           * Chi Notochelys
                           * Chi Pyxidea: Pyxidea mouhotii(Chọn?)
                           * Chi Rhinoclemmys
                           * Chi Sacalia
                           Sacalia quadriocellata x Mauremys reevesii(?) ‘‘‘Select?’‘‘
                           * Chi Siebenrockiella
               + Họ Testudinidae (tortoises)
                     # Chi Aldabrachelys
                           * Aldabrachelys grandidieri
                     # Chi Astrochelys
                           * Astrochelys radiata(Chọn?)
                           * Astrochelys yniphora(Chọn?)
                     # Chi Chelonoidis
                           * Chelonoidis chilensis(Chọn?)
                     # Chi Chersina
                           * Chersina angulata
                     # Chi Cylindraspis
                           * Cylindraspis indica
                           * Cylindraspis inepta
                           * Cylindraspis peltastes
                           * Cylindraspis triserrata
                           * Cylindraspis vosmaeri
                     # Chi Dipsochelys
                           * Dipsochelys arnoldi(Chọn?)
                           * Dipsochelys dussumieri (Aldabra giant tortoise)(Chọn?)
                           * Dipsochelys hololissa
                           * Dipsochelys sp. PK-2004
                     # Chi Geochelone
                           * Geochelone carbonaria(Chọn?)
                           * Geochelone denticulata(Chọn?)
                           * Geochelone elegans(Chọn?)
                           * Geochelone nigra(Chọn?)
                           * Geochelone platynota
                           * Geochelone sulcata(Chọn?)
                     # Chi Gopherus
                           * Gopherus agassizii (desert tortoise)
                           * Gopherus berlandieri
                           * Gopherus flavomarginatus
                           * Gopherus polyphemus (gopher tortoise)(Chọn?)
                     # Chi Homopus
                           * Homopus aerolatus
                           * Homopus bergeri
                           * Homopus boulengeri
                           * Homopus femoralis
                           * Homopus signatus
                     # Chi Indotestudo
                           * Indotestudo elongata (elongated tortoise)(Chọn?)
                           * Indotestudo forstenii (Travancore tortoise)
                           * Indotestudo travancorica
                     # Chi Kinixys
                           * Kinixys belliana
                           * Kinixys erosa
                           * Kinixys homeana
                           * Kinixys natalensis
                           * Kinixys spekii
                     # Chi Malacochersus
                           * Malacochersus tornieri (pancake tortoise)
                     # Chi Manouria
                           * Manouria emys (brown tortoise)
                           * Manouria impressa(Chọn?)
                     # Chi Psammobates
                           * Psammobates geometricus
                           * Psammobates oculifer
                           * Psammobates pardalis(Chọn?)
                           * Psammobates tentorius
                     # Chi Pyxis
                           * Pyxis arachnoides(Chọn?)
                           * Pyxis planicauda(Chọn?)
                     # Chi Testudo
                           * Testudo coahuila
                           * Testudo graeca (Mediterranean spur-thighed tortoise)
                           * Testudo hermanni(Chọn?)
                           * Testudo horsfieldii (Horsfield's tortoise)(Chọn?)
                           * Testudo kleinmanni (Egyptian tortoise)
                           * Testudo marginata (marginated tortoise)(Chọn?)
                           * Testudo marginata x Testudo weissingeri
                           * Testudo weissingeri
                           * Testudo werneri
         o Siêu họ Trionychoidea
               + Họ Carettochelyidae
                     # Chi Carettochelys
                           * Carettochelys insculpta (pitted-shelled turtle)(Chọn?)
               + Họ Dermatemydidae
                     # Chi Dermatemys
                           * Dermatemys mawii
               + Họ Kinosternidae (American mud and musk turtles)
                     # Chi Claudius
                           * Claudius angustatus (Narrow-bridged musk turtle)
                     # Chi Kinosternon
                           * Kinosternon acutum (Tabasco mud turtle)
                           * Kinosternon alamosae (Alamos mud turtle)
                           * Kinosternon angustipons
                           * Kinosternon arizonense
                           * Kinosternon baurii
                           * Kinosternon chimalhuaca
                           * Kinosternon creaseri
                           * Kinosternon dunni
                           * Kinosternon durangoense
                           * Kinosternon flavescens
                           * Kinosternon herrerai
                           * Kinosternon hirtipes
                           * Kinosternon integrum
                           * Kinosternon leucostomum (white-lipped mud turtle)(Chọn?)
                           * Kinosternon sonoriense
                           * Kinosternon subrubrum
                     # Chi Staurotypus
                           * Staurotypus salvinii
                           * Staurotypus triporcatus
                     # Chi Sternotherus
                           * Sternotherus carinatus (Razorback musk turtle)
                           * Sternotherus depressus
                           * Sternotherus minor (loggerhead musk turtle)
                           * Sternotherus odoratus
               + Họ Trionychidae (soft-shelled turtles)
                     # Chi Amyda
                           * Amyda cartilaginea
                     # Chi Apalone
                           * Apalone ferox (Florida softshell turtle)
                           * Apalone mutica
                           * Apalone spinifera
                     # Chi Aspideretes
                           * Aspideretes leithii
                           * Aspideretes nigricans
                     # Chi Chitra
                           * Chitra chitra
                           * Chitra indica
                           * Chitra vandijki
                           * Chitra sp. Myanmar
                     # Chi Cyclanorbis
                           * Cyclanorbis elegans
                           * Cyclanorbis senegalensis
                     # Chi Cycloderma
                           * Cycloderma aubryi
                           * Cycloderma frenatum
                     # Chi Dogania
                           * Dogania subplana
                     # Chi Lissemys
                           * Lissemys punctata (Indian flap-shelled turtle)
                           * Lissemys scutata (Burmese flap-shelled turtle)
                     # Chi Nilssonia
                           * Nilssonia formosa
                           * Nilssonia gangetica
                           * Nilssonia hurum
                     # Chi Palea
                           * Palea steindachneri (wattle-necked softshell turtle)
                     # Chi Pelea
                           * Pelea steindachneri
                     # Chi Pelochelys
                           * Pelochelys bibroni
                           * Pelochelys cantorii
                           * Pelochelys maculatus
                     # Chi Pelodiscus
                           * Pelodiscus maackii
                           * Pelodiscus parviformis
                           * Pelodiscus sinensis (Chinese softshell turtle)
                           * Pelodiscus sp. MTD D 42534
                           * Pelodiscus sp. MTD D 43357
                           * Pelodiscus sp. MTD D 44045
                           * Pelodiscus sp. MTD D 44190
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 4236
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 5084
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 5085
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 5091
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 5093
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 5097
                           * Pelodiscus sp. MTD TD 5559
                     # Chi Rafetus
                           * Rafetus euphraticus
                           * Rafetus swinhoei (Swinhoes soft-shelled turtle)
                     # Chi Trionyx
                           * Trionyx axenaria
                           * Trionyx triunguis (African softshell turtle)
                     # Viet Nam freshwater turtle BLT-2003
  1. Phân bộ Pleurodira (side-necked turtles)
   * Họ Chelidae (snake-necked turtles)
         o Chi Acanthochelys
               + Acanthochelys macrocephala
               + Acanthochelys pallidipectoris(Chọn?)
               + Acanthochelys radiolata(Chọn?)
               + Acanthochelys spixii(Chọn?)
         o Chi Chelodina
               + Chelodina longicollis
               + Chelodina mccordi (McCord's snakeneck turtle)
               + Chelodina novaeguineae
               + Chelodina oblonga
               + Chelodina pritchardi
               + Chelodina reimanni
               + Chelodina rugosa (Northern long-necked turtle)
               + Chelodina siebenrocki
         o Chi Chelus
               + Chelus fimbriata(Chọn?)
         o Chi Elseya
               + Elseya albagula (White-throated snapping turtle)
               + Elseya branderhorsti (New Guinea snapping turtle)
               + Elseya dentata
               + Elseya georgesi
               + Elseya irwini
               + Elseya latisternum
               + Elseya lavarackorum
               + Elseya purvisi
               + Emydura kreftii
               + Elseya sp. albagula
               + Elseya sp. Johnstone
               + Elseya sp. Sth Alligator
         o Chi Elusor
               + Elusor macrurus
         o Chi Emydura
               + Emydura macquarii
               + Emydura signata
               + Emydura subglobosa
               + Emydura tanybaraga
               + Emydura victoriae
         o Chi Hydromedusa
               + Hydromedusa maximiliani
               + Hydromedusa tectifera
         o Chi Macrochelodina
               + Macrochelodina parkeri
         o Chi Mesoclemmys
               + Mesoclemmys heliostemma
               + Mesoclemmys nasutus
               + Mesoclemmys raniceps
               + Mesoclemmys tuberculatus
               + Mesoclemmys vanderhaegei
         o Chi Myuchelys
               + Myuchelys bellii (Western sawshelled turtle)
               + Myuchelys novaeguineae (New Guinea snapping turtle)
         o Chi Phrynops
               + Phrynops geoffroanus
               + Phrynops gibbus(Chọn?)
               + Phrynops hilarii (snake-necked turtle)
               + Phrynops hogei
               + Phrynops nasutus
               + Phrynops williamsi
               + Phrynops sp. FFM-2003
               + Phrynops sp. FFM-2003b
         o Chi Platemys
               + Platemys platycephala(Chọn?)
               + Platemys spixii
         o Chi Pseudemydura
               + Pseudemydura umbrina
         o Chi Rheodytes
               + Rheodytes leukops
         o Chi Rhinemys
               + Rhinemys rufipes
   * Họ Pelomedusidae
         o Chi Pelomedusa
               + Pelomedusa subrufa(Chọn?)
         o Chi Pelusios
               + Pelusios adansonii
               + Pelusios bechuanicus
               + Pelusios broadleyi
               + Pelusios carinatus
               + Pelusios castaneus(Chọn?)
               + Pelusios castanoides (Yellowbelly mud turtle)
               + Pelusios chapini
               + Pelusios cupulatta
               + Pelusios gabonensis
               + Pelusios marani
               + Pelusios nanus
               + Pelusios niger
               + Pelusios rhodesianus
               + Pelusios sinuatus(Chọn?)
               + Pelusios subniger (East African black mud turtle)
               + Pelusios upembae
               + Pelusios williamsi
   * Họ Podocnemididae
         o Chi Erymnochelys
               + Erymnochelys madagascariensis(Chọn?)
         o Chi Peltocephalus
               + Peltocephalus dumeriliana(Chọn?)
         o Chi Podocnemis
               + Podocnemis erythrocephala
               + Podocnemis expansa(Chọn?)
               + Podocnemis lewyana
               + Podocnemis sextuberculata
               + Podocnemis unifilis
               + Podocnemis vogli

Theo ý kiến của anh Hiếu, tôi đã tiến hành lấy toàn bộ các trình tự này về. Khi đối chiếu lại lần nữa dữ liệu thu được thì thấy chỉ có 65, chứ không phải 69 loài (phân loài) thực sự có cả 3 trình tự quan tâm. Tên thư viện của tất cả các trình tự được tải lên ở Tập tin:Accession-list-trinh-tu-dai-dien-cac-ho-khac-trong-bo-rua.zip. Danh mục 65 loài cùng với số lượng các trình tự quan tâm (cytb, 16SrRNA, nd4) được liệt kê trong dấu ngoặc đơn như sau:

  1. Acanthochelys pallidipectoris,1,1,1
  2. Acanthochelys radiolata,3,1,3
  3. Acanthochelys spixii,1,1,1
  4. Astrochelys radiata,51,1,7
  5. Batagur dhongoka,6,2,1
  6. Batagur kachuga,6,2,1
  7. Caretta caretta,1,3,1
  8. Carettochelys insculpta,2,2,2
  9. Chelonia mydas,4,7,1
  10. Chelonoidis chilensis,1,1,2
  11. Chelus fimbriata,1,1,1
  12. Chelydra serpentina,3,3,2
  13. Chinemys reevesi,1,1,1
  14. Chrysemys picta,7,2,2
  15. Cuora amboinensis,10,4,5
  16. Cuora aurocapitata,2,3,4
  17. Cuora flavomarginata,5,4,7
  18. Cuora galbinifrons,4,4,15
  19. Cuora pani,3,3,6
  20. Cuora trifasciata,1,1,35
  21. Cuora zhoui,1,1,18
  22. Cyclemys atripons,4,3,1
  23. Dipsochelys dussumieri,8,1,5
  24. Emys orbicularis,77,1,53
  25. Eretmochelys imbricata,2,4,2
  26. Erymnochelys madagascariensis,1,2,1
  27. Geochelone carbonaria,16,2,6
  28. Geochelone denticulata,11,1,7
  29. Geochelone elegans,10,3,4
  30. Geochelone nigra,173,175,152
  31. Geochelone sulcata,3,1,3
  32. Geoemyda spengleri,29,1,1
  33. Gopherus polyphemus,2,1,3
  34. Indotestudo elongata,18,1,9
  35. Kachuga tecta,10,3,1
  36. Kinosternon leucostomum,2,2,2
  37. Lepidochelys kempii,1,1,2
  38. Lepidochelys olivacea,2,6,1
  39. Macrochelys temminckii,2,3,1
  40. Manouria impressa,4,2,3
  41. Mauremys annamensis,2,1,14
  42. Mauremys caspica,15,2,2
  43. Mauremys japonica,240,1,1
  44. Mauremys leprosa,21,1,6
  45. Mauremys mutica,7,3,28
  46. Mauremys reevesii,7,1,4
  47. Mauremys rivulata,34,1,1
  48. Melanochelys trijuga,6,4,1
  49. Pelomedusa subrufa,47,23,29
  50. Peltocephalus dumeriliana,1,1,1
  51. Pelusios castaneus,12,3,9
  52. Pelusios sinuatus,2,1,3
  53. Phrynops gibbus,1,1,1
  54. Platemys platycephala,3,3,3
  55. Platysternon megacephalum,6,1,2
  56. Podocnemis expansa,1,1,1
  57. Psammobates pardalis,45,1,52
  58. Pyxidea mouhotii,1,3,6
  59. Pyxis arachnoides,44,1,10
  60. Pyxis planicauda,5,1,4
  61. Sacalia quadriocellata,33,3,1
  62. Testudo hermanni,14,2,5
  63. Testudo horsfieldii,33,1,5
  64. Testudo marginata,30,1,5
  65. Trachemys scripta,14,4,28
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 08:41, 10/4/2011 (ICT)

Liên kết đến đây