Thành viên:Phạm Thạch Thảo/Note: Cách dùng JISTIC

JISTIC (Identification of Significant Targets in Cancer) là phiên bản nâng cấp của GISTIC là phần mềm bioinformatic để phân tích q-value của các hỗn loạn trong genome. Trong khi GISTIC có thể chạy trên server GenePattern thì JISTIC cho phép download tại danapeerlab.

Đầu vào của JISTIC về cơ bản là file chứa copy number data dạng matrix (snp format) đã qua lọc các vùng copy number variance (với file thông tin cnv hỗ trợ.) Chương trình hỗ trợ chuyển đổi từ segmentation file với thông tin về probe location sang matrix file, cùng với hỗ trợ về cnv filter. Từ file matrix đã tạo trước cũng có hỗ trợ filter cnv một cách độc lập.