Lecture:Phân loại học phân tử/Nhóm 3/Bài 1

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

Tuần 1

Em thấy trên wiki chỉ có cây phân loại, đơn thuần là các số liệu về mô tả hình thái. Phương pháp phân loại bằng DNA xem qua trên web... không hiểu gì luôn. Có lẽ em phải kiếm cuốn textbook trước đã. Thảo.

Đừng có hoảng hốt. Cái bây giờ là copy&paste từ các nguồn khác nhau lại. Sau đó blind so sánh giữa các hệ thống, không ai là nhà rùa học trong khóa học của mình cả. Và chúng ta đang ở tuần thứ 1 của khóa học. Rất nhiều sai sót sẽ được tạo ra. Nhưng những tuần sau sẽ dần khắc phục và hiểu rõ hơn. Đừng mở bất kỳ cuốn textbook nào cho đến khi khóa học kết thúc. Đấy là bí kíp.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 00:15, 8/3/2011 (ICT)

08.03.2011:

  • 1. Từ các wikipedia Tiếng Việt:

Theo vi: Bộ Rùa, rùa Hồ Gươm cùng với rùa mai mềm Thượng Hải thuộc chi en:Rafetus, phân họ en:Trionychinae, họ en:Trionychidae, siêu họ en:Trionychoidea, bộ en:Cryptodira.

Mô tả vi:Rùa Hồ Gươm từ wikipedia Tiếng Việt:

"Rùa Hồ Gươm có kích cỡ tương đối lớn, chiều dài mai khoảng 60cm, đầu tương đối nhỏ và rộng, mõm ngắn, tròn, vòi rất ngắn, lưng màu vàng lục có những đốm vàng, mặt bụng màu trắng nhạt. Mai rùa mềm chứ không cứng như loài rùa thông thường."

Mô tả vi:Rùa mai mềm Thượng Hải từ wikipedia Tiếng Việt:

"Rafetus swinhoei đáng chú ý vì đầu dài với phần miệng giống như mõm lợn. Kích thước của nó có thể dài trên 100 cm, rộng trên 70 cm và cân nặng khoảng 120-140 kg. Mai của chúng có thể dài và rộng trên 50 cm. Đầu dài trên 20 cm và rộng trên 10 cm. Con đực nói chung nhỏ hơn con cái nhưng có đuôi to và dài hơn."

Wikipedia Tiếng Anh trong họ đó có thêm phân họ lân cận với hai phân họ trên, en:Plastomeninae, (ghi chú hóa thạch) có bốn chi không thấy trong wikipedia Tiếng Việt.

  • 3. Chi tiết về en: Rafetus từ wikipedia Tiếng Anh: Chi (genus) này có hai loài (species) Rafetus euphraticus và Rafetus swinhoei. Loài thứ hai là rùa mai mềm Thượng Hải đã đề cập ở trên. Cũng theo wikipedia Tiếng Anh, Rùa Hoàn Kiếm (Hoan Kiem Turtle) "trước đây được cho là một loài riêng thuộc chi này, nhưng hiện nay không đủ tiêu chuẩn en:taxon và coi là một thuật ngữ đồng nghĩa xuất hiện sau (en:junior synonym) của rùa mai mềm Thượng Hải.
  • 4. Tiêu chuẩn en:taxon, nói chung là phân loại học, chưa tìm hiểu được các tiêu chuẩn cụ thể.
  • 5. Về thuật ngữ Giải đọc được từ trả lời của bác Hiếu với nhóm 1, "Giải là tên thường gọi của các loại ba ba cỡ lớn, và về mặt phân loại thì giải là tên gọi chung cho các loài thuộc giống Pelochelys và giống Rafetus." Ghi chú thêm, Pelochelys và Rafetus theo phân loại ở trên là hai chi thuộc về cũng một phân họ en: Trionychinae.
Thêm nữa, " Giống là tương đương với chi; nghĩa là một đơn vị phân loại cấp trên của loài, bao gồm nhiều loài trong đó. Một tên loài (danh pháp khoa học) là danh pháp gồm 2 phần: tên giống và tên loài."

Thảo

10.03.2011

  • 6. Phân loại của Taxonomy: Rùa Hồ Gươm có lẽ được gọi là Việt Nam fresh water turtle BLT-2003 (Nhờ mọi người am hiểu confirm, tạm thời ta giả định như vậy.) Hiện thời rùa Hồ Gươm ở đó không được xếp vào chi Rafetus (chi này vẫn có loài Rafetus euphraticus và Rafetus swinhoei) mà trực thuộc "trung ương" là họ Trionychidae (soft-shelled turtles.) Trong Taxonomy tôi cũng không thấy phân họ Trionychinae mà chi Refatus thuộc trực tiếp họ Trionychidae.
  • 7. Phân loại của Reptile data base: Theo tôi hiểu phân loại này mang tính thống kê dữ liệu. Trong đó người ta trích dẫn lại bài báo của nhóm tác giả Lê Trần Bình cho rằng đây là một loài mới dựa trên kích thước cơ thể, dạng xương sọ, tập tính loài và nhấn mạnh ở trình tự DNA (ghi chú: xương sọ "the skull with a blunt curved maxillary arch" chưa biết dịch là gì.)
  • 8. Phân loại của species wikipedia, Rafetus swinhoei không có gì khác biệt về phân loại với các nhóm trên. Refatus Leloii coi là synonym của Refatus swinhoei.
  • 9. Không tìm thấy thông tin report trong ITIS về rùa Hồ Gươm. Có report về Refatus swinhoei (Gray 1873) nhưng không có nhắc gì đến Refatus Hoan Kiem.
  • 10. Như vậy tôi không tìm thấy phân loại rùa Hồ Gươm thuộc về chi Pelochelys, chi này có mấy con của Úc, chẳng hạng theo wikispecies gồm có Species: P. bibroni - P. cantorii - P. signifera, còn theo ITIS chỉ có en:Pelochelys bibroni (Owen, 1853) - Asian Giant Softshell Turtle ở Australia.
  • 11. Có lẽ wikipedia dựa trên thống kê của Anders G. J. Rhodin et al. (theo nguồn tham khảo của wikipedia tiếng anh), không rõ các liên hệ với Taxonomy và ITIS của tài liệu đó. [1]

Thảo


Phân họ với chi có phải là một không, lúc thấy Thảo gọi là phân họ lúc lại là chi?^
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 01:32, 11/3/2011 (ICT)
  • Cảm ơn Thọ, mình không chú ý lắm mà chỉ nhìn vào mức độ chia của cây để gọi. Vậy Taxonomy không thấy có phân họ Trionychinae và chỉ có họ Trinychidae. Để sửa lại chút.

Thảo viết kiểu gì mà nó có nhiều đường link tới wiki vậy?
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 00:35, 9/3/2011 (ICT)

Từ nào mình nghi nó có wiki thì cho linh vào thôi, vì mình đọc từ wiki nên từ nào có mình biết mà.


1) Vietnam freshwater turtle BLT-2003 (Lê Trần Bình)

Rafetus leloii (Hà Đình Đức, 2000)

Rafetus hoankiemensis(2000)

Rafetus Vietnamensis (2010)

đều nói đến loài rùa ở hồ Gươm.

2) Tóm chung thì khóa phân loại của rùa như sau:

Theo wiki tiếng việt và wikispecies: thuộc chi: Pelochelys hoặc chi Rafetus/ phân họ: Trionychinae/ họ: Trionychidae/siêu họ: Trionychoidea /phân bộ: Cryptodira/Bộ rùa: Testudines

Theo NCBI thì rùa mai mềm Thượng Hải thuộc loài Rafetus Swinhoei/ chi: Rafetus / họ: Trionychidae còn loài Vietnam freshwater turtle BLT-2003 (Lê Trần Bình)thì chỉ thấy thuộc họ: Trionychidae mà không thấy thuộc chi nào. E ko biết là e hiểu như vậy có đúng không vì e thấy cách dùng dấu tròn trắng, đen và thụt hàng để phân loại trong trang này không đống nhất với nhau.???

Theo Reptile database thì loài Rafetus leloii (Hà Đình Đức, 2000) và giải ở Thượng Hải cùng thuộc về loài Rafetus Swinhoei(Gray, 1873)

Mẫn

  • Mẫn nói không đồng nhất ý là sao? Theo mình hiểu dấu vuông đen biểu thị một loài có thực đang tồn tại (hoặc mẫu hóa thạch?), dựa trên các loài đó ("lá") ta xây cây gồm các "chi", "họ" vốn không có thực mà chỉ xuất hiện theo giả thiết (biểu diễn bằng dấu tròn trắng). Về loài rùa Hồ Gươm ở ncbi mình cũng thấy như thông tin bạn nêu.
  • Theo đề nghị của bác Hiếu ta vẽ một cây và so sánh chúng với nhau. Mình nhớ trên wiki en có một cây rồi (tuy không đủ), chỉ cần vẽ với mấy data còn lại. Thực ra mình đã thử vẽ bằng R thấy mất thời gian cân chỉnh quá nên có lẽ ta vẽ bằng... tay rồi scan thôi nhỉ?

Thảo


Để tiện theo dõi, ta trích dẫn siêu họ Trionychidae ở đây (sẽ bổ sung dần):


@Wikipedia Tiếng Việt:


@Wikipedia Tiếng Anh:

Trionychia

(Ghi chú: có thay đổi bậc của loài lại sao cho tất cả các genus nằm cũng một mức cho dễ nhìn, bỏ các ref..., khi cần truy cứu nguyên gốc ta có thể vào đây en: Trionychia.)


@ncbi: Đã chuyển tới bài này.

Liên kết đến đây