Phân tích trình tự DNA của rùa Hồ Gươm

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm
Các trình tự của họ Trionychidae và gen cytb của bộ Testudines sau khi đã loại bỏ phần thừa so với trình tự tiêu bản được tải lên ở Tập tin:Cac-trinh-tu-sau-khi-cat-phan-thua-Tho.zip. Nhờ anh Hiếu và các bạn kiểm tra giúp.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 10:25, 18/4/2011 (ICT)


Em cũng không hiểu tại sao nhưng sau khi down tập tin này về thì em không thể mở được. :(

Lê Thị Trang (thảo luận) 14:06, 15/5/2011 (ICT)
Mình mới down về để mở thử thì thấy bình thường. Trang không giải nén được hay sau khi giải nén thì không mở được từng file. Lưu ý file này có đuôi .aln nên khi mở với một số phần mềm cần lựa chọn loại file sẽ mở. Trang thử mở với phần mềm Text Edit xem được không.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 23:34, 15/5/2011 (ICT)


Em không làm được gì với tập tin đó cả (mở hay giải nén), nếu anh Thọ vẫn mở bình thường thì chắc là do phần mềm của em có vấn đề, em sẽ cài lại xem sao.

Lê Thị Trang (thảo luận) 05:47, 16/5/2011 (ICT)
Việc đầu tiên là Trang cần giải nén với phần mềm zip để thu được một folder, trong folder sẽ có một số file trình tự khác nhau.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 10:06, 16/5/2011 (ICT)


Em đã cài 7zip và đã mở được rồi, cảm ơn anh Thọ nhiều. Nhưng trước đó em dùng WinRAR mà sao không mở được nhỉ?

Lê Thị Trang (thảo luận) 10:39, 16/5/2011 (ICT)


À, em vừa xem qua file bắt cặp gene nd4 của anh Thọ, vì em cũng làm với gene này và ở cả hai đầu em đều cắt sâu hơn anh Thọ, nên em không biết làm thế nào là đúng? các anh chỉ cho em nguyên tắc cắt bỏ các phần thừa được không ạ? Như thế nào thì cắt bỏ và thế nào thì sẽ giữ lại ạ? Việc cắt này là do chủ quan của người phân tích hay có quy tắc rồi ạ?

Lê Thị Trang (thảo luận) 11:35, 16/5/2011 (ICT)
Việc cắt bỏ là để loại bỏ phần trình tự mà trình tự tiêu bản (của rùa Hồ Gươm) không có. Như thế, sau khi bắt cặp thấy phần trình tự nào thừa ra so với trình tự tiêu bản thì sẽ bị loại bỏ. Tuy nhiên, sẽ có một số trình tự sẽ ngắn hơn trình tự tiêu bản hoặc bản thân trình tự tiêu bản có thể có một phần trình tự không tin cậy, lúc này cần xem xét để cắt bỏ cả một phần trình tự tiêu bản.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 16:56, 16/5/2011 (ICT)


Nhưng chúng ta có ba trình tự tiêu bản, và không phải độ dài của ba trình tự này là như nhau. Trong trường hợp cụ thể với gene nd4, có một trình tự tiêu bản ngắn hơn hẳn các trình tự còn lại, vậy em phải làm thế nào ạ? Cắt bằng trình tự ngắn nhất hay cắt bằng hai trình tự kia ạ? Anh xem và giải đáp giúp em với. Nếu em sai, em sẽ phải làm lại. Em đã xem thử cây phân loại khi cắt bằng hai cách này, chúng có một vài sai khác nhỏ.

Lê Thị Trang (thảo luận) 17:36, 16/5/2011 (ICT)
Em cắt ít nhất bằng trình tự ngắn nhất. Nguyên tắc là sao cho mọi trình tự đều chứa 1 lượng thông tin như nhau.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 19:49, 16/5/2011 (ICT)


Cảm ơn anh Hiếu, cho em hỏi nữa với: vấn đề nảy sinh tiếp theo là độ dài đoạn trình tự ta giữ lại để phân tích của file nd4_all và nd4_trio là khác nhau. Nó có gây ra hậu quả gì không ạ?

Lê Thị Trang (thảo luận) 23:28, 16/5/2011 (ICT)
Tất cả phải cùng dài bằng nhau.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 23:35, 16/5/2011 (ICT)


Vậy thì em sai rồi, em sẽ phải làm lại. Em có thấy anh Thọ nhắc tới việc ứng dụng R để cắt đoạn trình tự thừa, em có thể tham khảo cách làm này ở đâu ạ?

Lê Thị Trang (thảo luận) 23:44, 16/5/2011 (ICT)

Liên kết đến đây