Phân tích trình tự DNA của rùa Hồ Gươm
Các trình tự của họ Trionychidae và gen cytb của bộ Testudines sau khi đã loại bỏ phần thừa so với trình tự tiêu bản được tải lên ở Tập tin:Cac-trinh-tu-sau-khi-cat-phan-thua-Tho.zip. Nhờ anh Hiếu và các bạn kiểm tra giúp.
Em
cũng
không
hiểu
tại
sao
nhưng
sau
khi
down
tập
tin
này
về
thì
em
không
thể
mở
được. :(
Mình mới down về để mở thử thì thấy bình thường. Trang không giải nén được hay sau khi giải nén thì không mở được từng file. Lưu ý file này có đuôi .aln nên khi mở với một số phần mềm cần lựa chọn loại file sẽ mở. Trang thử mở với phần mềm Text Edit xem được không.
Em
không
làm
được
gì
với
tập
tin
đó
cả
(mở
hay
giải
nén),
nếu
anh
Thọ
vẫn
mở
bình
thường
thì
chắc
là
do
phần
mềm
của
em
có
vấn
đề,
em
sẽ
cài
lại
xem
sao.
Việc đầu tiên là Trang cần giải nén với phần mềm zip để thu được một folder, trong folder sẽ có một số file trình tự khác nhau.
Em
đã
cài
7zip
và
đã
mở
được
rồi,
cảm
ơn
anh
Thọ
nhiều.
Nhưng
trước
đó
em
dùng
WinRAR
mà
sao
không
mở
được
nhỉ?
À, em vừa xem qua file bắt cặp gene nd4 của anh Thọ, vì em cũng làm với gene này và ở cả hai đầu em đều cắt sâu hơn anh Thọ, nên em không biết làm thế nào là đúng? các anh chỉ cho em nguyên tắc cắt bỏ các phần thừa được không ạ? Như thế nào thì cắt bỏ và thế nào thì sẽ giữ lại ạ? Việc cắt này là do chủ quan của người phân tích hay có quy tắc rồi ạ?
Việc cắt bỏ là để loại bỏ phần trình tự mà trình tự tiêu bản (của rùa Hồ Gươm) không có. Như thế, sau khi bắt cặp thấy phần trình tự nào thừa ra so với trình tự tiêu bản thì sẽ bị loại bỏ. Tuy nhiên, sẽ có một số trình tự sẽ ngắn hơn trình tự tiêu bản hoặc bản thân trình tự tiêu bản có thể có một phần trình tự không tin cậy, lúc này cần xem xét để cắt bỏ cả một phần trình tự tiêu bản.
Nhưng
chúng
ta
có
ba
trình
tự
tiêu
bản,
và
không
phải
độ
dài
của
ba
trình
tự
này
là
như
nhau.
Trong
trường
hợp
cụ
thể
với
gene
nd4,
có
một
trình
tự
tiêu
bản
ngắn
hơn
hẳn
các
trình
tự
còn
lại,
vậy
em
phải
làm
thế
nào
ạ?
Cắt
bằng
trình
tự
ngắn
nhất
hay
cắt
bằng
hai
trình
tự
kia
ạ?
Anh
xem
và
giải
đáp
giúp
em
với.
Nếu
em
sai,
em
sẽ
phải
làm
lại.
Em
đã
xem
thử
cây
phân
loại
khi
cắt
bằng
hai
cách
này,
chúng
có
một
vài
sai
khác
nhỏ.
-
Em
cắt
ít
nhất
bằng
trình
tự
ngắn
nhất.
Nguyên
tắc
là
sao
cho
mọi
trình
tự
đều
chứa
1
lượng
thông
tin
như
nhau.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 19:49, 16/5/2011 (ICT)
Cảm
ơn
anh
Hiếu,
cho
em
hỏi
nữa
với:
vấn
đề
nảy
sinh
tiếp
theo
là
độ
dài
đoạn
trình
tự
ta
giữ
lại
để
phân
tích
của
file
nd4_all
và
nd4_trio
là
khác
nhau.
Nó
có
gây
ra
hậu
quả
gì
không
ạ?
- Tất cả phải cùng dài bằng nhau.
-
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 23:35, 16/5/2011 (ICT)
Vậy
thì
em
sai
rồi,
em
sẽ
phải
làm
lại.
Em
có
thấy
anh
Thọ
nhắc
tới
việc
ứng
dụng
R
để
cắt
đoạn
trình
tự
thừa,
em
có
thể
tham
khảo
cách
làm
này
ở
đâu
ạ?