Lecture:Phân loại học phân tử/Tasks/6

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

Dưới đây là những nhiệm vụ cụ thể mà từng học viên cần thực hiện. Sau khi hoàn thành xin hãy đánh dấu X vào Bảng đánh giá nhiệm vụ từng cá nhân.

Tuần 6

Cây NJ mà chúng ta đã tạo ra tuần trước được cho là đơn giản và chưa mô phỏng được chính xác mối quan hệ tiến hóa giữa các loài. Nhiều nhà khoa học cho rằng cây tốt nhất là cây ML.

Sử dụng phần mềm MEGA để vẽ các cây ML với các model khác nhau từ dữ liệu 1) trước và 2) sau khi tối ưu. So sánh sự khác nhau của các cây này, và với cây NJ tuần trước để xem có thực sự ủng hộ cho những nhận xét từ phân tích đa dạng di truyền tuần 4. Ghi nhận lại sự khác biệt.

Chọn cây tương đồng nhất với phân tích di truyền và cây khác biệt nhất để ghi chú chi tiết (thông tin về các khóa phân loại). Sử dụng phần hỗ trợ trên MEGA để ghi chú trên 2 cây này, hoặc download và sử dụng phần mềm TreeGraph2.

Một cách phân công tương đối, nhóm 1 chịu trách nhiệm nhóm gene cyt b, nhóm 2 là gene nad 4 và nhóm 3 là gene 16S.

  1. Vẽ các cây ML từ dữ liệu DNA quan tâm (trước và sau khi tối ưu) với các model khác nhau. Ghi lại sự khác nhau và trình bày kết quả trên Phân tích trình tự DNA của rùa Hồ Gươm. Đánh dấu cây nào ủng hộ giả thuyết nào, và có khác biệt gì với nhận xét rút ra từ phân tích đa dạng di truyền tuần trước.
  2. Chọn 2 cây giống và khác nhất so với nhận định từ phân tích đa dạng di truyền. Đánh dấu và phân loại những trình tự theo thông tin về khóa phân loại. Trình bày kết quả trên Phân tích trình tự DNA của rùa Hồ Gươm.
  3. Trở lại luồng thảo luận tại Thảo luận:Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa#Chủ đề 3 về vấn đề "Ưu và nhược điểm của cây phát sinh chủng loài được tạo ra từ thuật giải NJ, ML hoặc MP". Cập nhật đánh giá của bạn với cây NJ và ML.
  4. Thảo luận giữa các nhóm về kết quả của mình. Tìm hiểu sự khác nhau về kết quả từ phân tích các dữ liệu gene khác nhau. Thảo luận lại đề xuất tối ưu hóa dữ liệu giữa cả 3 nhóm gene của tuần trước. Các bài học rút ra và những đề xuất mới. Lặp lại các phân tích với dữ liệu rút gọn và viết lại tất cả những băn khoăn có thể có tại Thảo luận:Tổng quan các ý kiến phân loại về Rùa Hồ Gươm.


Lưu ý

  • Hãy viết ngay các thông tin mà bạn thu thập được hoặc đang phân tích lên các trang wiki của cả nhóm. Đừng chờ đến cuối tuần sau khi hoàn chỉnh khá khá mới đăng lên. Thứ 1, bạn không phải cảm thấy ngại khi nghĩ rằng bản thân làm trang wiki rối rắm thiếu hoàn chỉnh. Bởi vì, nhiều học viên khác sẽ có thể học được ngay nhưng điều bạn khám phá chứ không chờ đến cuối tuần. Thứ 2, đấy là cơ hội tốt để bạn rèn luyện kỹ năng thảo luận và hợp tác trong nhóm các học viên. Thứ 3, ngay cả khi bạn lỡ tay gây ra một sửa đổi gì đó cực kỳ tệ hại, không phải hoảng hốt, code wiki cho phép bạn phục hồi lại những gì bạn đã gây ra (UNDO) bằng cách vào phần lịch sử của trang
  • Các bài viết và luồng thảo luận không đóng lại ngay khi hết hạn thời gian cho bài học mà sẽ để mở cho phép bạn bổ sung thêm nhưng điều mà bạn phát hiện mới, thậm chí sau khi khóa học này kết thúc. Nói cách khác, khi bạn đang học ở tuần thứ 4 nhưng hoàn toàn có thể và nên sửa lại thông tin của tuần thứ 1 cho chính xác hơn, đầy đủ hơn.
  • Việc phân chia nhiệm vụ cho các nhóm chỉ có tính tương đối. Mỗi học viên được trông đợi thực hiện tất cả các nhiệm vụ của khóa học và thường xuyên so sánh kết quả của mình với nhóm được yêu cầu thực hiện. Nếu bạn muốn bổ sung thêm thông tin hoặc có ý kiến thảo luận, hãy trực tiếp làm việc đó mà không cần phải xin phép trước. Ngược lại, nếu có học viên nhóm khác tham gia nhiệm vụ của bạn, hãy tận dụng cơ hội đó để học hỏi lẫn nhau và cùng đưa ra một sự thống nhất cuối cùng thông qua thảo luận. Không có sự ưu tiên giữa học viên được và không được phân công cũng như học viên dự thính.
  • Bạn muốn liên lạc với học viên trong cùng 1 nhóm? Bạn có thể gửi tin nhắn trực tiếp đến học viên đó, hoặc các học viên có thể thảo luận với nhau về bất kỳ việc gì trên tờ giấy nháp của từng nhóm (Nhóm 1, Nhóm 2, Nhóm 3)
  • Nếu có bất kỳ ý kiến, khó khăn gì nảy sinh trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, hãy viết ở khung bình luận phía dưới.

Các tuần khác

  1. Tuần 1
  2. Tuần 2
  3. Tuần 3
  4. Tuần 4
  5. Tuần 5
  6. Tuần 6
  7. Tuần 7
  8. Tuần 8
  9. Tuần 9
  10. Tuần 10
  11. Tuần 11
  12. Tuần 12

Liên kết đến đây

Xem thêm liên kết đến trang này.