Lecture:Phân loại học phân tử/Tasks/4

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

Dưới đây là những nhiệm vụ cụ thể mà từng học viên cần thực hiện. Sau khi hoàn thành xin hãy đánh dấu X vào Bảng đánh giá nhiệm vụ từng cá nhân.

Bài 4

Một bước khởi đầu khá đơn giản nhưng hay bị bỏ qua (thường đem lại rủi ro ít ngờ sau này) trong phân loại học phân tử là phân tích biến dị di truyền. Với những phân tích ban đầu này, chúng ta thường thu nhận được những kết quả bước đầu giúp định hướng phân tích cũng như kiểm định lại tính hợp lý của sơ đồ bố trí thí nghiệm.

Sử dụng phần mềm BioEdit hoặc MEGA để tính toán khoảng cách di truyền cũng như độ tương đồng (% identity) giữa các trình tự nghiên cứu. Đặt những trình tự đã được phân loại chuẩn vào những taxon (khóa phân loại) tương ứng. Sau đó tính toán độ biến động (phân bố) của các giá trị khoảng cách di truyền và độ tương đồng giữa 1) những cá thể thuộc cùng loài; 2) những loài thuộc cùng 1 đơn vị bậc cao hơn. Cuối cùng, đặt các trình tự khởi điểm vào trong ngữ cảnh đã phân tích ở trên và rút ra những nhận xét ban đầu.

Luôn lưu ý những giả thuyết mà chúng ta đang làm việc:

  1. H1: Rùa Hồ Gươm và 2 mẫu khởi điểm khác là thuộc cùng 1 loài. H-1 là giả thuyết bác bỏ H1.
  2. H2: 3 mẫu khởi điểm và vi:Rùa mai mềm Thượng Hải là cùng 1 loài. H-2 là giả thuyết bác bỏ H2.
  3. H3: 3 mẫu khởi điểm thuộc vi:Họ Ba ba. H-3 là giả thuyết bác bỏ H3.
  4. H4: H1, H-2 và H3 đúng. 3 mẫu khởi điểm là một loài mới. H-4 là giả thuyết bác bỏ H4.
  5. H5: H1, H-2, H3 và H4 đúng. 3 mẫu khởi điểm gần với chi Rafetus nhất trong phân họ Trionychinae. H-5 là giả thuyết bác bỏ H5 và cần chỉ ra chi nào gần với mẫu này nhất.

Một cách phân công tương đối, nhóm 1 chịu trách nhiệm nhóm gene cyt b, nhóm 2 là gene nad 4 và nhóm 3 là gene 16S.

  1. Thống kế độ biến động (phân bố) của các giá trị khoảng cách di truyền và độ tương đồng giữa 1) những cá thể thuộc cùng loài; 2) những loài thuộc cùng 1 đơn vị bậc cao hơn (cùng chi, cùng họ) từ trình tự của gene quan tâm (chỉ sử dụng trình tự có thông tin phân loại rõ ràng). Ghi lại kết quả trên Phân tích trình tự DNA của rùa Hồ Gươm. Kiểm định các giả thuyết H1 - H5. Đánh dấu những mẫu thuẫn có thể phát sinh về khóa phân loại khác nhau (xem lại bài trước). Đánh dấu những trình tự đã và chưa phân loại chính xác; đánh dấu những trình tự được thu từ Việt Nam.
  2. Tổng kết lại chiến lược phân tích dữ liệu của 2 nhóm Lê TB và Lê MD. So sánh với chiến lược do các công trình quốc tế về phân loại học của Bộ Rùa và Họ Ba ba gần đây. Tổng kết và ghi lại tại Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa cùng với chiến lược mà khóa học chúng ta đang sử dụng cho đến tuần này.
  3. Quay trở lại thảo luận tại Thảo luận:Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa#Chủ đề 1 về vấn đề "Sự sai khác về trình tự DNA đến mức độ nào thì được coi là vẫn thuộc 1 loài hay đã hình thành loài mới".
  4. Tìm hiểu và suy nghĩ thêm về cách sắp xếp thí nghiệm so sánh trình tự cho hợp lý để giải quyết bài toán về vị trí phân loại của Rùa Hồ Gươm. Viết lại tất cả những băn khoăn có thể có tại Thảo luận:Tổng quan các ý kiến phân loại về Rùa Hồ Gươm. Mỗi cá nhân cần phải tham gia thảo luận về từng băn khoăn được nêu ra tại đây.

Lưu ý

  • Hãy viết ngay các thông tin mà bạn thu thập được hoặc đang phân tích lên các trang wiki của cả nhóm. Đừng chờ đến cuối tuần sau khi hoàn chỉnh khá khá mới đăng lên. Thứ 1, bạn không phải cảm thấy ngại khi nghĩ rằng bản thân làm trang wiki rối rắm thiếu hoàn chỉnh. Bởi vì, nhiều học viên khác sẽ có thể học được ngay nhưng điều bạn khám phá chứ không chờ đến cuối tuần. Thứ 2, đấy là cơ hội tốt để bạn rèn luyện kỹ năng thảo luận và hợp tác trong nhóm các học viên. Thứ 3, ngay cả khi bạn lỡ tay gây ra một sửa đổi gì đó cực kỳ tệ hại, không phải hoảng hốt, code wiki cho phép bạn phục hồi lại những gì bạn đã gây ra (UNDO) bằng cách vào phần lịch sử của trang
  • Các bài viết và luồng thảo luận không đóng lại ngay khi hết hạn thời gian cho bài học mà sẽ để mở cho phép bạn bổ sung thêm nhưng điều mà bạn phát hiện mới, thậm chí sau khi khóa học này kết thúc. Nói cách khác, khi bạn đang học ở tuần thứ 4 nhưng hoàn toàn có thể và nên sửa lại thông tin của tuần thứ 1 cho chính xác hơn, đầy đủ hơn.
  • Việc phân chia nhiệm vụ cho các nhóm chỉ có tính tương đối. Mỗi học viên được trông đợi thực hiện tất cả các nhiệm vụ của khóa học và thường xuyên so sánh kết quả của mình với nhóm được yêu cầu thực hiện. Nếu bạn muốn bổ sung thêm thông tin hoặc có ý kiến thảo luận, hãy trực tiếp làm việc đó mà không cần phải xin phép trước. Ngược lại, nếu có học viên nhóm khác tham gia nhiệm vụ của bạn, hãy tận dụng cơ hội đó để học hỏi lẫn nhau và cùng đưa ra một sự thống nhất cuối cùng thông qua thảo luận. Không có sự ưu tiên giữa học viên được và không được phân công cũng như học viên dự thính.
  • Bạn muốn liên lạc với học viên trong cùng 1 nhóm? Bạn có thể gửi tin nhắn trực tiếp đến học viên đó, hoặc các học viên có thể thảo luận với nhau về bất kỳ việc gì trên tờ giấy nháp của từng nhóm (Nhóm 1, Nhóm 2, Nhóm 3)
  • Nếu có bất kỳ ý kiến, khó khăn gì nảy sinh trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, hãy viết ở khung bình luận phía dưới.



Các tuần khác

  1. Tuần 1
  2. Tuần 2
  3. Tuần 3
  4. Tuần 4
  5. Tuần 5
  6. Tuần 6
  7. Tuần 7
  8. Tuần 8
  9. Tuần 9
  10. Tuần 10
  11. Tuần 11
  12. Tuần 12

Liên kết đến đây

Xem thêm liên kết đến trang này.