Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa
Kinh nghiệm tìm kiếm với dữ liệu Nucleotide trên NCBI: Khi bạn đã vào được NCBI, thì chỉ quan tâm đến dữ liệu của database về Nucleotide thôi (theo hướng dẫn của anh Hiếu). Khi vào được database này rồi thì nên chọn Advance Search. Trong trang này bạn có thể chọn keyword với từng Field tương ứng và sử dụng Search builder để kết hợp các từ khóa lại với nhau. Chẳng hạn khi bạn muốn tìm gen Nd4 của tất cả các loài trong họ Trionychidae, bạn có thể sử dụng từ khóa như sau: Keyword trong Field Organism Name: Trionychidae --> nhấn vào nút Add to Search Box. Keyword trong Field Gene Name: nd4 -->nhấn vào nút Add to Search Box. Kết hợp hai từ khóa trên bằng liên kết AND
Lệnh tìm kiếm này sẽ đưa ra cho bạn tất cả những trình tự có chứa gen nd4 của các loài trong họ Trionychidae hiện có trong database. Chúc các bạn thành công!!!
Tuần 2[sửa]
1&2. Thống kê số lượng trình tự của gene quan tâm vào download dưới dạng fasta
Để download các trình tự của các đại diện khác trong bộ rùa, em cũng chỉ biết download riêng rẽ từng họ (3 trình tự) rồi coppy chúng vào một file chung, có cách nào hay hơn không ạ?
Về
việc
thống
kê
số
lượng
trình
tự,
em
không
làm
được
như
anh
Thọ,
anh
Thọ
có
thể
chỉ
cho
em
được
không
ạ?
Làm
thế
nào
để
thống
kê
cả
3
gene
cũng
một
lúc
ạ?
3.
Chỉnh
sửa
tiêu
đề
trình
tự
(
sử
dụng
phần
mềm
R)
Bước
1.
Cài
đặt
R
Bước 2. Làm theo các chỉ dẫn sau
Theo tôi hiểu thì không nên gộp 3 gen lại với nhau, mỗi gen để riêng ra một file.
Tôi cũng không thống kê 3 gen cùng một lúc, mà thống kê từng gen. Sau khi thống kê từng gen thì mới so sánh 3 cái thống kê này với nhau để xác định những loài có đồng thời trình tự của cả ba gen.
Lúc trước chưa hiểu ý câu hỏi của Trang về việc lấy trình tự của các đại diện khác trong bộ Rùa. Trang có thể lấy từng họ rồi gộp lại như đã làm nhưng như vậy sẽ mất nhiều thời gian. Cách khác nhanh hơn là tìm kiếm trong database với từ khóa là "Testudines NOT Trionychidae", như vậy sẽ lấy các trình tự trong bộ Rùa mà không phải là họ Ba ba.
Bài 4[sửa]
16S[sửa]
- Bảng chi tiết
- Output file (mở với excel, chế độ tab) [1] hoặc firefox [2].
- Output file thu gọn (40 loài có nhiều hơn 1 trình tự.) [3]
