Lecture:Phân loại học phân tử/Blog

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm
Nuvola apps korganizer.png

Hẳn là những bạn đã xem bộ film vi:Avatar (phim 2009) đều nhớ cảnh nam nhân vật chính khi tham gia khóa nghiên cứu thường được yêu cầu ghi lại nhật ký về những cảm xúc, suy nghĩ và khó khăn của mình. VLOS chưa có điều kiện tậu một máy ghi nhật ký video hiện đại như vậy nhưng cũng hy vọng trong quá trình tham gia khóa học Phân loại học phân tử các học viên đều đặn blogging tại đây. Điều này hỗ trợ rất nhiều cho người hướng dẫn và thiết kế khóa học để có thể điều chỉnh nội dung, cường độ khóa học một cách uyển chuyển hơn, phù hợp với các bạn hơn. Xin cám ơn nhiều.

Chuẩn bị

Bạn có hồi hộp không? Hơi chút lo lắng? Nhìn nhiệm vụ có ngại không? Lớp mới có khó định hướng không?
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 14:54, 1/3/2011 (ICT)

Vì nhiều bạn chưa quen với hình thức tổ chức khóa học, như thế nào gọi là khóa học tự học trực tuyến nên tôi giải thích thêm ở đây.

  • Không có lễ khai giảng, diễn văn khai giảng, gặp mặt toàn bộ học viên cả online lẫn offline. Khóa học khai giảng vào thứ 2 (07/03/2011) dù bạn có mặt hôm đó hay không. Hãy bắt đầu tự học ngay bây giờ.
  • Hình thức học, nói đơn giản, bạn đăng nhập vào tài khoản trên Tủ sách VLOS và thực hiện lần lượt các nhiệm vụ được giao. Bạn có thể vượt tiến độ (làm nhiệm vụ tuần tới) nhưng đừng chậm tiến độ. Hãy nhớ đánh dấu ngay những nhiệm vụ đã hoàn thành trong bảng theo dõi.
  • Hiện nay nhiệm vụ chi tiết cho đến tuần thứ 5 đã sẵn sàng (vẫn có khả năng sẽ có thay đổi nhỏ để phù hợp với sức học chung của lớp). Những văn bản hướng dẫn đã hoàn tất. Bạn cần sử dụng công cụ theo dõi những văn bản này để cập nhật thông tin tốt nhất.
  • Kinh nghiệm của các khóa học trước. Tận dụng tối đa thời gian để tập trung trực tiếp vào nhiệm vụ được giao. Giải quyết nhiệm vụ dễ nhất và đơn giản trước. Những nhiệm vụ có thể phải làm nhiều ngày thì viết ra kế hoạch hoàn thành vào trang chung của nhóm. Những nhiệm vụ có thể phải cần sự hỗ trợ, hợp tác của các thành viên khác trong nhóm thì bạn viết rõ ràng đề xuất phân công nhiệm vụ ra trang của nhóm. Đừng chờ sự đồng ý của các thành viên khác, hay nhanh chóng làm xong phần việc mà bạn phân công cho mình. Mặc khác, luôn lắng nghe và tham gia hỗ trợ các thành viên của nhóm cũng như học viên các nhóm khác. Tiến độ của khóa học phụ thuộc vào tiến độ chung của toàn học viên. (Trang riêng các nhóm: Nhóm 1, Nhóm 2, Nhóm 3)
  • Viết ngay lập tức những kiến thức bạn đọc được, suy luận, các đường link hữu ích, những khó khăn, thắc mắc lên các trang wiki trên VLOS (có thể sử dụng công cụ viết note). Sau đó, đừng chờ đợi sự trợ giúp mà tiếp tục đào sâu suy nghĩ, phân tích tìm cách giải quyết vấn đề. Khi có sự hỗ trợ từ người hướng dẫn hoặc học viên khác, liên tục đặt nghi vấn và tìm cách thức hiệu quả hơn.
  • Khóa học được thiết kế theo cách mà các bạn sẽ không chắc tìm được lời giải hoặc giải quyết hoàn toàn những vấn đề nêu ra ở những tuần đầu tiên (điều đó không có nghĩa là các bạn không cần phải nỗ lực tự học). Những vấn đề và luồng thảo luận này sẽ còn được quay trở lại mổ xẻ và phân tích sau khi tự bạn tìm được những tri thức mới trong quá trình học tập của bản thân.
  • Đừng ngại đặt câu hỏi, yêu cầu trợ giúp hay nói rằng nhiệm vụ này quá khó đối với tôi. Khóa học này dành cho những người mới bắt đầu và những khó khăn này là hết sức bình thường.

Q1:Em đang thử tìm cách edit trang "Hình ảnh về Rùa hồ Gươm." Vì hình ảnh lấy trên mạng, từ các bài báo và blog, nên nói chung không có công khai về bản quyền gì cả. Có vấn đề gì với điều đó không ạ?

A1:Em lấy hình và chú thích ở đó website em lấy, chọn thẻ bản quyền tương ứng. Hầu hết các hình ảnh này các báo VN trích dẫn của nhau. Đừng lấy hình có watermask hoặc ký tên là được. --
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 00:05, 5/3/2011 (ICT)

Tổng kết tuần chuẩn bị

@all,

Sau tuần đầu chuẩn bị, hầu hết mọi ng đã đăng ký thành viên và có những hoạt động học tập nhất định. Tuy nhiên, tiến trình học tập không đều nhau giữa các học viên và không học viên nào hoàn thành tất cả nhiệm vụ của phần Chuẩn bị trước "giờ khai giảng".

Do đó, tôi có 1 số câu hỏi mong mọi người trả lời:

1. Nhiệm vụ được viết có rõ ràng, dễ hiểu không? Tài liệu hướng dẫn đi kèm có dễ hiểu không?

A. Nhiệm vụ dễ hiểu nhưng tài liệu trợ giúp không cung cấp đủ thông tin.
B. Nhiệm vụ dễ hiểu và tài liệu trợ giúp đầy đủ
C. Nhiệm vụ không rõ ràng, bạn không biết phải làm gì.
D. Ý kiến khác

2. Theo bạn, độ phức tạp của việc sử dụng wiki là như thế nào?

A. Khá dễ dàng, thử làm là được.
B. Khá khó khăn, phải thử đi thử lại nhiều lần mới được.
C. Rất khó khăn, đã mất rất nhiều thời gian mà không làm được.
D. Ý kiến khác.

3. Hệ thống thông tin liên lạc giữa các học viên và hệ thống theo dõi thông tin trên VLOS như thế nào?

A. Khó sử dụng, không cảm thấy thoải mái
B. Hiện đại, bạn theo dõi tốt tình hình học tập của mọi người và cập nhật thông tin về khóa học
C. Vẫn chưa thử, không biết sử dụng nó như thế nào
D. Ý kiến khác.

4. Lý do chính của việc chưa hoàn thành xong nhiệm vụ chuẩn bị của bạn là gì?

A. Không hiểu rằng mình phải hoàn thành tất cả nhiệm vụ đó. Hoặc cho rằng việc đó không cần thiết (dành cho học viên dự thính).
B. Do những khó khăn về kỹ thuật và hướng dẫn kể trên, bạn không thể hoàn thành được nhiệm vụ trong quỹ thời gian mà bạn dự tính dành cho khóa học.
C. Do những lý do cá nhân, nên chưa sẵn sàng tham gia.
D. Lý do khác.

Chờ thông tin từ tất cả học viên (bao gồm cả dự thính),

Hiếu


  • Định hướng trên VLOS: Đây là trở ngại lớn nhất của mã wiki. Điều này cũng được Lan (mò nhiều, và khó theo dõi, em truy cập toàn thấy thông báo là ai đang và đã theo dõi 1 trang nào đó) và P. Thảo (Có lẽ em chưa hiểu cấu trúc chung và liên hệ qua lại giữa các phần, các trang. Có thể có một cây mô tả sẽ tốt hơn?) nêu ra. Vấn đề là các bài viết trên VLOS không có mối liên hệ kiểu cây để mà đưa là một cây mô tả tốt. Các bài viết được nối với nhau theo kiểu network, một bài được sắp vào nhiều thể loại, các thể loại lại lồng với nhau, đồng thời các bài lại liên kết với những bài khác. Như vậy, các tốt nhất để không lạc đường trên VLOS là sử dụng trang Portal: Rùa Hồ Gươm (nó luôn nằm ở cột định hướng bên tay trái >> phần Các đề án. Trang này là cổng giao tiếp với tất cả các bài liên quan đến khóa học.
  • Bí quyết để giữ sự tập trung: Trên VLOS có rất nhiều bài viết và thông tin có thể khiến bạn lôi cuốn xa khỏi nhiệm vụ của khóa học. Khi thấy bài viết hay nhưng không liên quan trực tiếp đến khóa học bạn hãy chọn nút Hay! ở phía trên bài viết. Khi đó, bài viết sẽ lưu lại trong danh sách thư viện cá nhân của riêng bạn. Bạn tìm lại nó lúc nào cũng được. Vậy điều gì mà bạn cần tập trung? Đó là thực hiện ngay những gì ghi tại Lecture:Phân loại học phân tử/Tasks.
  • Liên lạc trên VLOS: Đây là vấn đề nghiêm trọng của khóa học. Hầu hết các học viên đều bị trở ngại tâm lý khiến không thể tham gia khóa học 1 cách tốt nhất (theo cách mà tôi chờ đợi). Đó là mọi người đã không 1) liên lạc và trao đổi kế hoạch làm việc của mình với các thành viên trong nhóm; 2) không nêu ra khó khăn mà mình gặp phải NGAY LẬP TỨC trên wiki VLOS. Điều này gây sự lãng phí thời gian và giảm hiệu quả làm việc của cả nhóm. Các nhiệm vụ tiếp theo càng cần đến kỹ năng hợp tác. Do vậy, tôi yêu cầu các bạn liên tục sử dụng trang thảo luận của nhóm (Phòng họp nhóm: 1, 2, 3) để ghi lại nhật trình bạn đang làm gì? đến đoạn nào? gặp khó khăn gì?. Chuyện rất bình thường là khi bạn viết ra cái khó khăn mà bạn gặp phải rồi 5 phút sau bạn giải quyết được rồi. Vậy có phải viết ra không? Câu trả lời là Rất cần viết ra. Bạn viết ra không phải cho riêng bạn mà cho mọi người khác. Khó khăn của bạn cũng có thể là khó khăn của nhiều người khác. Khi bạn đã giải quyết được thì viết ra các hướng dẫn để người khác có thể làm theo. Kinh nghiệm này là đúc kết từ các khóa học trước đây. Do vậy, xin các bạn thực hiện nghiêm túc để tránh khóa học bị kéo dài (vỡ kế hoạch) chỉ vì những lý do và kỹ năng đơn giản này.

Tuần 1

Hôm nay mới bắt đầu mở tài liệu của khóa học để đọc. Chắc phải đọc tài liệu tiếng Việt trước thôi, tài liệu tiếng Anh có vẻ hơi khó...
Như vậy tuần thứ 1 của khóa học đã kết thúc. Tuần này ghi nhận sự tham gia trễ nhịp của các học viên, nhiều người mới chỉ kịp thực hiện các nhiệm vụ chuẩn bị. Các nhiệm vụ của tuần thứ 1 gần như chưa được thực hiện bởi nhiều lý do. Trong đó, theo tôi có 2 lý do chính 1) mọi người đã không bám sát vào nội dung nhiệm vụ phân công; 2) rất ít có sự thảo luận, tự phân công và hợp tác giữa các học viên. Tuy nhiên, tôi cũng ghi nhận những sự đóng góp sau:
  1. Những thảo luận ở chủ đề 1chủ đề 12 của P. Thảo khá xác đáng và logic.
  2. Một series các câu hỏi của Thọ là một cách brain storming thú vị, giúp vỡ ra nhiều điều trong đó bản thảo Tại sao chúng ta quan tâm đến loài? bước đầu có sự tham gia của Thọ và Mẫn hứa hẹn sẽ là 1 tài liệu hữu ích.
  3. Tinh thần tập thể cao của em Lan với những bài hướng dẫn hữu ích trợ giúp những học viên khác.
Có lẽ, một vài trong số các bạn muốn gia hạn thêm 1 tuần để hoàn thành nhiệm vụ của tuần số 1, tuy nhiên, tôi đề xuất mọi người đồng loạt thực hiện sang nhiệm vụ của tuần số 2, mọi người sẽ làm bù và bổ sung những nhiệm vụ của tuần số 1 trong quãng thời gian còn lại của khóa học.
Hai keywords mà mọi người cần phải rút kinh nghiệm sau tuần 1 là "focus" (tập trung) và "disscussion" (thảo luận)
Chúc mọi người có 1 tuần học hữu ích và hiệu quả
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 03:01, 14/3/2011 (ICT)

Tuần 2

Trong tuần thứ 2, chỉ có P. Thảo triển khai các nhiệm vụ của tuần 2 tại Lecture:Phân loại học phân tử/Nhóm 3, nhưng chưa hoàn thành vì cần ý kiến thảo luận thêm từ mọi người. Do vậy, theo đề xuất của Thọ với sự tán thành của Lan và Hiệu, chúng ta sẽ dành thêm 1 tuần (từ 21.03 đến 27.03) để mọi người hoàn thành các nhiệm vụ của tuần 1 và 2. Một lần nữa, tôi muốn nhắc lại với tất cả học viên là khóa học chúng ta tổ chức theo phương pháp dạy học theo dự án, như vậy chúng ta kỳ vọng là không chỉ học kiến thức mà còn tự chứng minh, kiểm định những lý thuyết này thông qua thực hành.
Ngoài ra, trong bản dịch Tại sao chúng ta quan tâm đến loài?, chúng ta đang băn khoăn việc hiểu chính xác và chuyển ngữ 2 câu hỏi: "What are species?” và “How do we identify species?”. Nếu có thể, hãy trình bày ý kiến của bạn.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 01:59, 21/3/2011 (ICT)

Tuần 3

Đến hẹn lại lên, tôi tổng kết những gì lớp học đã đạt được ở tuần vừa qua theo kế hoạch là "hoàn thành các nhiệm vụ của tuần 1 và 2".

  • Bản dịch của tài liệu Tại sao chúng ta quan tâm đến loài? đã hoàn thành nhờ sự đóng góp của Thọ, Thảo, Lan và Mẫn. Tuy nhiên, các bạn xin tự nhiên hoàn thiện và tranh luận để hoàn thiện bản dịch hơn.
  • Thọ cũng đã bổ sung thêm những dẫn chứng cơ bản tại Tổng quan các ý kiến phân loại về Rùa Hồ Gươm. Những dẫn chứng khác có thể bổ sung dần dần trong quá trình học ở các tuần tiếp theo.
  • Nhiệm vụ thu thập Dữ liệu DNA hiện có về Rùa của tuần thứ 2 hiện giờ mới chỉ có trình tự 16S ti thể do Thảo chuẩn bị. Các nhóm khác nếu gặp khó khăn đề nghị thảo luận với Thảo để học kinh nghiệm.
  • Cuộc tranh luận về "Liệu dữ liệu về DNA (phân loại học phân tử) có thể thay thế hoàn toàn phân loại truyền thống không? Tại sao" theo tôi rất thú vị, mọi người tham gia có lập luận sắc sảo, khoa học. Tranh luận hiện đang dừng tại vấn đề mà Thọ đưa ra "khi có những khác biệt nhỏ giữa phân loại học phân tử với phân loại truyền thống người ta sẽ phải giải quyết thế nào. Nếu phân loại học phân tử được xây dựng dựa trên phân loại truyền thống thì phân loại truyền thống sẽ là tiêu chuẩn vàng phải không?". Mời mọi người cùng tham gia tìm hiểu.
  • Ngoài ra, bên ngoài khuôn khổ của khóa học, Thảo đang viết cuốn Ngôn ngữ lập trình R dành cho người mới học. Cuốn sách rất hữu ích cho nhiều người.

Về tiến độ thực tế và lịch trịch của khóa học cho tuần sau, tôi đề xuất các nhóm khác nhau tiến hành theo lịch trình riêng phù hợp với nhóm mình. Ví dụ Thảo (nhóm 3) nên bắt tay sang nhiệm vụ của tuần 3 trong khi Thọ (nhóm 1) và Lan (nhóm 2) nên tập trung hoàn thành nhiệm vụ của tuần 2.

Chúc các bạn thu được nhiều lợi ích từ khóa học,

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 18:07, 27/3/2011 (ICT)

Tuần 4

Trong tuần vừa qua, Thọ và Thảo đã thu thập các trình tự gene trong nhóm gene quan tâm từ các cá thể thuộc họ Ba ba. Nguồn dữ liệu đã được tải lên và liệt kê tại Dữ liệu DNA hiện có về Rùa. Những trình tự của Bộ Rùa ngoài họ Ba ba đang được xử lý.

Trong quá trình làm việc, Thảo đã dựng một tiện ích để giúp xử lý nhanh tiêu đề các trình tự dạng FASTA. Đây là công cụ rất hữu ích cho những người hay phải làm việc với các trình tự gene / protein.

Nhiệm vụ của tuần tới là làm quen với công cụ Blastn nổi tiếng trên NCBI để tầm soát các trình tự tương đồng trên ngân hàng dữ liệu gene. Đồng thời, mọi người cũng cần sử dụng phần mềm miễn phí BioEdit để bắt cặp trình tự ClutalW và cắt chọn những vùng trình tự quan tâm.

Chúc mọi người có những trải nghiệm hữu ích,

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 22:21, 3/4/2011 (ICT)

Tuần 5

Khóa học đã diễn ra hơn 1 tháng, tôi hy vọng mỗi học viên đều thu nhận được một số điều bổ ích. Hiện nay dữ liệu DNA cần quan tâm đã sắp hoàn chỉnh. Với những dữ liệu này, chúng ta sẽ có thể tiến hành một số phân tích bước đầu trong phân loại học phân tử nhằm trả lời cho câu hỏi: Rùa Hồ Gươm là (hoặc gần gũi nhất với) loài gì? Tôi cũng hy vọng qua những thao tác đã tiến hành trên NCBI của những tuần vừa qua, bạn có thấy tự tin và thoải mái hơn khi làm việc với ngân hàng dữ liệu gene này. Tương tự, sang tuần các bạn sẽ làm quen với 1 phần mềm BioEdit hữu dụng cho nhiều phân tích trình tự mà 1 nhà sinh học phân tử thường sử dụng.

Một chủ đề thảo luận mới cần sự quan tâm của các bạn là "liệu có thể định danh 1 loài (mẫu vật) bằng kết quả blast ncbi mà k cần phải vẽ cây phân loại như tiến trình ta đang làm (phân tích mối quan hệ tiến hóa dựa trên bộ sưu tầm trình tự của toàn bộ taxon)?"

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 23:53, 10/4/2011 (ICT)

Tuần 6

Tuần này lớp học chúng ta chào đón học viên mới là bạn Lê Thị Trang sẽ tham gia vào nhóm 2. Hy vọng Trang sẽ nhanh chóng, đi tắt đón đầu để cùng làm với các bạn khác.

Trong tuần này, một sự thật (không mới) được khai quật lại là những điều mô tả thì đơn giản nhưng khi bắt tay vào làm thì vỡ ra nhiều vấn đề. Trong đó, gồm có 1) khả năng thực hiện phân tích của máy tính, thời gian tiêu tốn; 2) trình tự chuỗi (+) và (-); 3) các giải thuật bắt cặp (giống cột) và những thông số lựa chọn. Ngoài ra, như thường lệ, Thảo có mối quan tâm để việc ứng dụng R trong tin sinh học. Điều này cho phép chúng ta có nhiều hơn 1 cách tiếp cận và phân tích số liệu khác nhau, qua đó 1) hiểu hơn và thuật toán cũng như chiến lược phân tích; 2) tìm ra cách tiếp cận tối ưu cả về thời gian, công sức và hiệu năng của máy tính.

Cá nhân tôi cũng thu lợi nhiều từ khóa học này. Hy vọng các bạn cũng vậy.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 01:05, 18/4/2011 (ICT)

Tuần 7

Trong tuần vừa rồi, Thảo và Thọ vẫn còn xoay quanh việc kiểm tra việc chạy và so sánh các phần mềm, như chúng ta đã nhận định trong nhật ký của tuần trước: những điều tưởng chừng đơn giản khi bắt tay vào mới thấy có nhiều vấn đề. Trong khi đó Trang đã thực hiện rất nhanh các bước ban đầu, tìm hiểu phân tích tài liệu, thành thạo với việc dowload, sửa tiêu đề trình tự, cho đến việc bắt đầu thử chạy các phần mềm, về cơ bản đã nắm được tình hình của cả nhóm. Ngoài ra mọi người đã trở lại thảo luận kỹ hơn về vấn đề nhận định mức độ sai khác của DNA trong phân loài (chủ đề 1), so sánh phân loại học phân tử và phân loại học cổ điển (chủ đề 2.) Trang đã nêu nhận xét ban đầu về Maximum Likelihood (chủ đề 3.)

(Thọ có gì bổ sung thêm nhé.)
Phạm Thạch Thảo (thảo luận) 00:57, 25/4/2011 (ICT)
Cám ơn Thảo đã tổng kết. Tôi nhận thấy việc để mọi ng tham gia và tổng kết những việc làm được và chưa làm được ở hàng tuần có ý nghĩa nhiều hơn là chỉ riêng tôi viết tổng kết. Nếu mọi người cùng đồng ý thì chúng ta quay vòng trách nhiệm này, ví dụ tuần tới Thọ sẽ tổng kết, rồi đến Trang, rồi tôi và lại tiếp tục Thảo ví dụ như vậy. Ai tham gia thêm thì mở rộng thêm vòng ra. Mọi người thấy như thế nào>
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 17:18, 27/4/2011 (ICT)
Cái này chắc vẫn phải anh Hiếu chủ đạo rồi vì anh theo dõi sát nhất, và mọi người chắc còn "ngại", có gì bổ sung vào thôi ạ.
Quả thật là tôi được học hỏi rất nhiều cái mới từ khóa học này, nhưng về cơ bản còn đang thấy mù mịt và chưa đáp ứng được chương trình của khóa học. Những điều anh Hiếu ghi lại ở trang nhật ký này đã giúp tôi và các bạn trong lớp hình dung rõ hơn mình đã làm được cái gì và cần làm cái gì trong thời gian tiếp theo. Chắc thời gian tới khi tôi và các bạn trong lớp thấy tự tin hơn, thì mọi người có thể có nhiều ghi chép hơn ở mục này. Hiện tại xin nhờ anh Hiếu đạo diễn mục này tiếp một thời gian.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 18:03, 1/5/2011 (ICT)

Tuần 8

Trang có báo là đã xong nhiệm vụ của tuần 3 và chuẩn bị sang tuần 4. Nhưng tôi thấy tuần này hoạt động của lớp thật mù mờ, khó theo dõi. Cũng có thể là do tôi có việc không tập trung. Nhưng tôi đề nghị mọi người nộp kết quả của tuần 3 do mình đã làm xong tại đây. Mọi người cũng nhớ nén file kết quả bằng 7z để có dung lượng nhỏ.

Một tin vui là nhóm GS. Lê TB sẽ công bố trình tự của RHG "thật" (từ cụ đang được điều trị) lên GenBank. Nghĩa là chúng ta sẽ có thêm nguyên liệu để phân tích. Ngoài ra, nhóm Lê MD cũng thông báo đang submit công trình của mình và sẽ sớm công bố rộng rãi. Với công bố khoa học này chúng ta có thể so sánh với những phân tích của mình.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 19:23, 1/5/2011 (ICT)
Xin lỗi mọi người, cả mấy tuần vừa rồi em bận viết chương trình vẫn chưa xong, chỉ cuối tuần mới tìm hiểu được chút, không tiến được bước nào thêm. Em vẫn loay hoay với việc cắt thế nào cho tốt và tự động với R nhưng có vẻ rất khó và đã thấy nản rồi. Từ giờ đến tối nếu có thể hoàn thành em sẽ up lên.
Phạm Thạch Thảo (thảo luận) 19:55, 1/5/2011 (ICT)

Tuần 9

Trang có ý kiến khá hợp lý là chúng ta cần phải tổng kết lại cách thức đã làm để 1) chuẩn hóa cho tất cả các học viên cùng cho 1 kết quả giống nhau; 2) hỗ trợ các thành viên mới (nếu có) tham gia hoặc sau này đọc lại tài liệu của khóa học; 3) để viết lại dưới dạng 1 công bố 1 cách khoa học. Tôi gợi ý mọi người viết lại tiến trình thu thập, phân tích và xử lý số liệu từ đầu đến giờ tại trang Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 18:56, 3/5/2011 (ICT)
Nếu mọi người cùng đồng ý, tôi đề xuất lớp chúng ta thay đổi tên của nhiệm vụ từ nhiệm vụ tuần 1, tuần 2, tuần 3 thành bài 1, bài 2, bài 3. Như thế chúng ta đỡ nhầm lẫn giữa tuần học thực tế và bài học phải làm. Cụ thể trong tuần 9 này, chúng ta vẫn đang tiếp tục giải quyết các nhiệm vụ của bài 3. Thứ 1, việc chuẩn bị dự liệu đầu vào là đặc biệt quan trọng vì nó sẽ quyết định kết quả phân tích có phản ảnh tốt được thực tế (tiến trình tiến hóa của loài) hay không. Thứ 2, nhờ có Thảo, chúng ta có cơ hội làm quen với công cụ R có thể giúp chúng ta "tự động hóa" khá nhiều. Nhờ điều này mỗi người (cả tôi) ko chỉ mở rộng thêm kinh nghiệm làm việc với trình tự mà cũng giúp chúng ta mô tả quá trình thực hiện phân tích 1 cách rõ ràng, có thể lặp lại được.
Liên quan đến quá trình phân tích, như đã nói ở trên, tôi đề nghị mọi người tham gia viết lại tiến trình thu thập, phân tích và xử lý số liệu tại trang Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa. Mọi người chủ động xây dựng bố cục bài viết và hợp tác cùng viết sao cho 1) mô tả chi tiết để bất kỳ ai (trong đó có chính các bạn, sau này) đọc lại có thể thực hiện lại được công việc đã làm; 2) sử dụng văn phong khoa học tương tự như đang viết khóa luận hay công bố khoa học.
Đồng thời, để dễ theo dõi tiến trình thực hiện nhiệm vụ của từng người, và có những hỗ trợ kịp thời, tôi đề nghị mọi người cập nhật thường xuyên tiến độ và tình trạng làm việc của mình tại trang riêng của nhóm và trang Lecture:Phân loại học phân tử/Bài tập.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 16:23, 8/5/2011 (ICT)
Em thấy vấn đề sửa tên như vậy rất hợp lý. Rất tiếc là về mặt tiến độ không được đảm bảo theo kế hoạch, mặc dù hoàn toàn không có áp lực gì về mặt tiến độ, em nghĩ từ từ và cẩn thận cũng tốt. Một phần em nghĩ là do số người tham gia khá ít, mà lý do em cho là mọi người hơi bị "choáng", ai cũng lo là mình không hiểu vì tiếp xúc với khá nhiều thuật ngữ và phần mềm mới nên không dám hoạt động gì, và hầu như bỏ cuộc từ ngay những ngày đầu. Cái đó hơi đáng tiếc ở chỗ mọi người chưa thông suốt tinh thần chung (vừa tham gia vừa tìm hiểu dần.) Mặt khác, một phần có thể do cách theo dõi thông tin của học viên chưa thật hiệu quả, và khó thâu lượm hết các thảo luận ở các nơi?
Phạm Thạch Thảo (thảo luận) 17:27, 8/5/2011 (ICT)


Em tán thành việc đổi tên. Về việc viết lại quá trình thực hiện, em vẫn chưa quen với việc sử dụng văn phong khoa học nên tạm thời anh Thọ và anh Thảo ghi lại, em sẽ quan sát và học dần dần, sau đó sẽ viết cùng các anh được không ạ?
Lê Thị Trang (thảo luận) 17:43, 10/5/2011 (ICT)
Mình đã ghi tạm thời trong bản nháp của nhóm 3. Tuy nhiên mỗi nhóm sẽ thu thập số liệu hơi khác nhau một chút về cách thức, ta ghi các gene một cách riêng rẽ? Về "văn phong khoa học" thì trước mắt mình thấy chúng ta chỉ cần chú ý tiêu chuẩn chủ yếu là sao cho đảm bảo "có thể lặp lại được" là vấn đề quan trọng, vì mỗi một quá trình khi tổng kết và kết luận điều gì đó sẽ phải kiểm tra lại vài lần.
Phạm Thạch Thảo (thảo luận) 12:03, 11/5/2011 (ICT)

Tuần 10

Tuần vừa rồi, lớp có 1 cuộc thảo luận có ý nghĩa xung quanh câu hỏi của Trang "Ý nghĩa của việc bắt cặp trình tự và xóa bỏ các trình tự không đồng bộ?". Tôi thấy những ý kiến mà Thảo và Thọ đưa ra đều xác đáng. Đáng chú ý, quá trình phân tích hiện đang xoay quanh trở ngại về vấn đề chú giải thông tin về khóa phân loại đối với các trình tự. Thảo đang tối ưu hóa công cụ R để việc gắn thông tin về phân loại học trở lại trình tự 1 cách tự động. Tuy nhiên, điều dễ dàng thấy được là định dạng FASTA đã không còn tỏ ra tối ưu trong các phân tích tiếp theo. Đề nghị mọi người suy nghĩ về hướng sử dụng 1 định dạng khác, sao cho phải bảo đảm 1) lưu được thông tin phân loại, thuận tiện trong việc nhóm (grouping) các trình tự thuộc các taxa với nhau; 2) dễ dàng sử dụng cho các phân tích tiếp theo như vẽ cây biểu diễn mối quan hệ tiến hóa. Tôi đề cử NEXUS.

Mọi người cũng cần tập trung vào trọng tâm của nhiệm vụ Bài 4: đó là về các mô hình tiến hóa (models of sequence evolution) và/hoặc tính toán khoảng cách di truyền (genetic distance) trong và giữa các taxa. Cụ thể là về cách mô hình như Jukes-Cantor (JC), Kimura 2 thông số (K2P), Felsenstein 1981 (F81), Hasegawa, Kishino & Yano 1985 (HKY85) và General reversible model (REV). Rõ ràng càng về sau mô hình càng phức tạp và linh hoạt (thông minh?) nhưng câu hỏi đặt ra liệu càng phức tạp thì có càng đưa kết quả phân tích gần với (/phản ánh) thực tiễn hay không? Câu trả lời nên viết tại đây.

Chúc mọi người học tập vui vẻ,

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 22:46, 15/5/2011 (ICT)

Tuần 11

Tuần vừa qua thật nhiều ý nghĩa. Một phần là giao diện mới của tủ sách VLOS mang dáng dấp hiện đại hơn, thân thiện hơn. Phần liên quan đến khóa học là chúng ta chào đón kết quả đầu tiên của nhóm 3. Đó là phần phân tích khoảng cách di truyền trong loài (intra-species genetic distance) giữa các gene 16S RNA của các loài trong bộ Rùa. Đây mới là kết quả bước đầu những cũng có thể cho chúng ta hình dung sơ bộ sự biến động di truyền của bộ Rùa tại gene quan tâm này. Tôi mong rằng, các gene Nd4 và cytb sẽ sớm hoàn thành để cung cấp một bức tranh rộng hơn, đa dạng hơn. Rất hoan nghênh các bạn không thuộc lớp học tham quan và cho nhận định về kết quả mới làm ra của nhóm.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 01:09, 23/5/2011 (ICT)

Tuần 12

Tuần này tôi viết nhật ký sớm hơn 1 hôm do hưng phấn. Tôi cảm thấy thích không khí thảo luận của nhóm và thái độ tích cực và chủ động của từng thành viên. Những ngày qua chúng ta lùi ra xa khỏi kết quả khoảng cách di truyền do Thảo tạo ra để nhìn vấn đề rộng hơn, tổng quát hơn. Điều đó giúp ích cho mọi người gắn nối các vấn đề mà chúng ta đã thảo luận trước (1, 15, 16). Tôi gợi ý mọi người dành thời gian để tìm hiểu thêm về các vấn đề của thuyết tiến hóa nhỏ như Tiến hóa trung tính, các mô hình chọn lọc tự nhiên, dòng gene. Cũng như chuẩn bị số liệu để đi đến bài tiếp theo xây dựng cây NJ. Đừng quên trang bị cho mình cách đọc một cây tiến hóa.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 18:01, 28/5/2011 (ICT)

Tuần 13

Một góc nhỏ trong việc tìm kiếm trình tự trên NCBI đã được làm sáng tỏ. Điều đó chứng tỏ trong những thao tác cơ bản thông thường vẫn có những khám phá nho nhỏ có thể xảy ra. Có lẽ những con số mà Thảo tính toán ở những tuần trước có thể phải hiệu đính hoặc bổ sung chăng? Việc này cần mọi người tham gia tính toán trình tự của mình bằng cách phương pháp khác nhau để bổ trợ cho phương pháp Thảo đang dùng. Chúc mọi người học được những điều thú vị.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 00:18, 6/6/2011 (ICT)

Tuần 14

Tuần qua, Trang đã hoàn thành dữ liệu khoảng cách di truyềnvẽ cây NJ dựa trên dữ liệu trình tự nd4. Đây là lúc thích hợp để so sánh với kết quả khoảng cách di truyền của trình tự 16s, do Thảo tính toán. Việc làm quen với các thao tác xử lý 1 cây phân loại để cho ra hình ảnh mang ý nghĩa khoa học rõ ràng, hình thức thẩm mỹ tốt cũng sẽ rất thú vị. Chúc mọi người vui vẻ.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 12:27, 13/6/2011 (ICT)

Tuần 15

Chúng ta nay có thêm một số dữ liệu mới từ gene ND4. Tôi nghĩ rằng chúng ta nên dừng lại ở bước này một thời gian để (1) hệ thống lại những gì chúng ta đã làm, cố gắng chuẩn hóa và mô tả lại 1 cách rõ ràng tiếp trình chúng ta xử lý dữ liệu; (2) tìm cách trình bày những kết quả đã thu được ở dạng hợp lý và dễ quan sát, so sánh và đánh giá (cố gắng trình bày ở dạng bảng biểu, đồ thị (hình vẽ) mà người đọc có thể nhìn trực tiếp trên VLOS; (3) thảo luận sâu thêm về những cây phân loại đã có để có thể bảo đảm chúng ta thực sự hiểu những gì đang làm. Những bạn chưa kịp hoàn thành dữ liệu của mình có thể tham gia giúp Trang trình bày dữ liệu của Trang ở dạng hợp lý hơn. Mọi ý tưởng, đề xuất đều được nhiệt liệt hoan nghênh.

Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 21:47, 20/6/2011 (ICT)

Em đề xuất ý kiến: giai đoạn này mọi người cùng làm chung được không ạ? Tức là ko cần phân chia 3 nhóm với 3 gene nữa. Vì em đang có những việc chẳng biết làm thế nào, cần các anh giúp đỡ nhiều, và em có thể chia sẻ bớt một phần gánh nặng cho các anh với gene 16s và cytb.

@ anh Hiếu: Em cũng chưa hiểu hết những việc mình đang làm, nhưng sắp tới em sẽ phải đi thực tập, em định cứ làm ra cái gì đó rồi mang lên núi phân tích thôi ấy mà.

Lê Thị Trang (thảo luận) 05:25, 21/6/2011 (ICT)
@Học chung: hoàn toàn đồng ý với đề xuất của e Trang. Một trong các nhiệm vụ của bài 5 là tất cả mọi người phải làm việc cùng nhau để tìm ra mô hình và dữ liệu tối ưu cho tất cả. Thảo và Thọ nghĩ như thế nào?
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 07:11, 21/6/2011 (ICT)
Em thấy trước nay cũng gần như mọi người làm chung cả. Tuần này em vẫn chưa xong việc riêng nên hoạt động ở mức độ theo dõi là chính, không chắc có "gánh" giúp được Trang và Thọ chút nào không, nhưng sẽ vẫn tham gia thảo luận cùng mọi người.
Phạm Thạch Thảo (thảo luận) 16:11, 21/6/2011 (ICT)
Em phải đi thực tập một tuần nên em xin nghỉ học từ giờ tới lúc đi thực tập về (30/6) ạ.
Lê Thị Trang (thảo luận) 08:47, 23/6/2011 (ICT)

Tuần 16 - 18

Lớp nghỉ hè.


Tuần 19

Trang tiếp tục với gene cytb

  • cytb_all gồm 1244 trình tự (đã loại bỏ các trình tự like)
  • -> bắt cặp -> cắt tạm thời các trình tự bằng với trình tự tiêu bản
  • -> loại bỏ 386 trình tự không có đoạn bắt cặp vơi trình tự tiêu bản
  • -> bắt cặp lại
  • -> loại bỏ 17 trình tự ngắn hơn trình tự tiêu bản (ít nhất 100 Nu)
  • -> Loại bỏ các cột gap (có ở tất cả các trình tự còn lại)
  • -> Được file cytb_all_841 còn 841 trình tự

Nhận xét về 841 trình tự của cytb do Trang làm:

  1. Kết quả bắt cặp nhìn chung hợp lý. Số lượng nu khác biết tương đối nhiều => nhiều thông tin
  2. Chiều dài là 510bp. Đầu 5' bắt cặp đẹp. Đầu 3' một số trình tự ngắn hơn khuôn. Trong đó có 5 trình tự ngắn còn 430, đa số các trình tự ngắn là nằm khoảng 480. Theo anh thì khoảng cách 50bp ko mang nhiều thông tin lắm nếu so với toàn bộ chiều dài. Do đó, anh gợi ý cắt toàn bộ các trình tự có nhiều dài bằng nhau (bằng trình tự ngắn nhất, ~430)
  3. Cắt ngắn toàn bộ hay bỏ trình tự ngắn? Cần phải quyết định dựa trên sự so sánh lợi - hại.
  • Lý do cắt ngắn toàn bộ, giữ lại trình tự ngắn: 1) trình tự ngắn có vai trò cung cấp thông tin quan trọng (vị trí phân loại của chúng trong cây phân loại truyền thống); 2) đoạn bị cắt không chứa 1 lượng lớn các vị trí có thông tin đa hình.
  • Nếu 1) hoặc 2) là sai thì lựa chọn loại bỏ các trình tự ngắn

Liên kết đến đây

Xem thêm liên kết đến trang này.