Lecture:Phân loại học phân tử/Tasks/3

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

Dưới đây là những nhiệm vụ cụ thể mà từng học viên cần thực hiện. Sau khi hoàn thành xin hãy đánh dấu X vào Bảng đánh giá nhiệm vụ từng cá nhân.

Tuần 3

BioEdit là một phần mềm miễn phí tuyệt vời dùng để làm việc với trình tự DNA. Trong khuôn khổ khóa học, chúng ta làm quen với 2 công cụ chính là Clustal và Sửa đổi trình tự. Mục đích của tuần này là chuẩn bị các trình tự sẵn sàng cho phân tích tiến hóa bằng 3 bước sau: 1) vi:Bắt cặp trình tự toàn bộ trình tự thuộc gene quan tâm; 2) lấy 8 trình tự khởi điểm làm tiêu bản, xóa bỏ các phần trình tự dư thừa 2 đầu gene ra khỏi toàn bộ các trình tự nghiên cứu; 3) tái vi:Bắt cặp trình tự để kiểm tra kết quả.

Kết quả của chuyến thám hiểm trên ngân hàng NCBI tuần trước là chúng ta có trong tay những trình tự thuộc vi:Bộ Rùavi:Họ Ba ba cần phân tích. Tuy nhiên, số liệu thu thập này phụ thuộc hoàn toàn vào khóa phân loại do tác giả trình tự đưa ra và hệ thống NCBI Taxonomy. Chúng ta vẫn có khả năng bỏ lỡ những dữ liệu quý giá có tính bước ngoặt đối với phân tích. Trong tuần này, chúng ta bổ sung vào kho dữ liệu trên Dữ liệu DNA hiện có về Rùa bằng cách sử dụng công cụ NCBI Blastn với những 8 trình tự khởi điểm. Thu thập thông tin về khóa phân loại của 100 trình tự best hit (giống nhất) để xác định những trình tự không có trong danh sách trình tự của tuần 2. Xử lý các trình tự này tương tự các trình tự trước đây và gộp vào chung 1 file dữ liệu.

Một cách phân công tương đối, nhóm 1 chịu trách nhiệm nhóm gene cyt b, nhóm 2 là gene nad 4 và nhóm 3 là gene 16S cùng với 8 trình tự khởi điểm.

  1. Thống kế 100 trình tự của gene thu được từ kết quả NCBI Blastn với các gene khởi điểm. Ghi lại kết quả trên Dữ liệu DNA hiện có về Rùa. Đánh dấu những mẫu thuẫn có thể phát sinh về khóa phân loại khác nhau (xem lại bài trước). Đánh dấu những trình tự đã và chưa phân loại chính xác; đánh dấu những trình tự được thu từ Việt Nam. Sử dụng mã số trình tự (accession number) để tránh trình tự trùng lặp.
  2. Download dạng FASTA của các trình tự mới bổ sung vào bộ sưu tầm cũ. Sửa tiêu đề trình tự cho hợp lý. Đánh dấu và phân loại những trình tự sẽ sử dụng để cho các phân tích tiếp theo tại Dữ liệu DNA hiện có về Rùa.
  3. Sử dụng chương trình BioEdit để bắt cặp trình tự; loại bỏ phần trình tự không đồng bộ; và bắt cặp lại những trình tự này. Lưu các file bắt cặp (phần mở rộng .aln) trên máy tính và tại Lecture:Phân loại học phân tử/Thời gian biểu
  4. Tham gia thảo luận tại Thảo luận:Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa#Chủ đề 3 về vấn đề "Ưu và nhược điểm của cây phát sinh chủng loài được tạo ra từ thuật giải NJ, ML hoặc MP". Trong đó, nhóm 1 tập trung vào NJ; nhóm 2 là ML và nhóm 3 là MP.
  5. Tìm hiểu về ý nghĩa và cách đọc thông tin của một cây phát sinh chủng loài và tập hợp lại tại Học từ cây phát sinh chủng loài. Sử dụng các thông tin từ khóa học trên Nature Scitable Reading a Phylogenetic Tree: The Meaning of Monophyletic GroupsTrait Evolution on a Phylogenetic Tree: Relatedness, Similarity, and the Myth of Evolutionary Advancement

Lưu ý

  • Hãy viết ngay các thông tin mà bạn thu thập được hoặc đang phân tích lên các trang wiki của cả nhóm. Đừng chờ đến cuối tuần sau khi hoàn chỉnh khá khá mới đăng lên. Thứ 1, bạn không phải cảm thấy ngại khi nghĩ rằng bản thân làm trang wiki rối rắm thiếu hoàn chỉnh. Bởi vì, nhiều học viên khác sẽ có thể học được ngay nhưng điều bạn khám phá chứ không chờ đến cuối tuần. Thứ 2, đấy là cơ hội tốt để bạn rèn luyện kỹ năng thảo luận và hợp tác trong nhóm các học viên. Thứ 3, ngay cả khi bạn lỡ tay gây ra một sửa đổi gì đó cực kỳ tệ hại, không phải hoảng hốt, code wiki cho phép bạn phục hồi lại những gì bạn đã gây ra (UNDO) bằng cách vào phần lịch sử của trang
  • Các bài viết và luồng thảo luận không đóng lại ngay khi hết hạn thời gian cho bài học mà sẽ để mở cho phép bạn bổ sung thêm nhưng điều mà bạn phát hiện mới, thậm chí sau khi khóa học này kết thúc. Nói cách khác, khi bạn đang học ở tuần thứ 4 nhưng hoàn toàn có thể và nên sửa lại thông tin của tuần thứ 1 cho chính xác hơn, đầy đủ hơn.
  • Việc phân chia nhiệm vụ cho các nhóm chỉ có tính tương đối. Mỗi học viên được trông đợi thực hiện tất cả các nhiệm vụ của khóa học và thường xuyên so sánh kết quả của mình với nhóm được yêu cầu thực hiện. Nếu bạn muốn bổ sung thêm thông tin hoặc có ý kiến thảo luận, hãy trực tiếp làm việc đó mà không cần phải xin phép trước. Ngược lại, nếu có học viên nhóm khác tham gia nhiệm vụ của bạn, hãy tận dụng cơ hội đó để học hỏi lẫn nhau và cùng đưa ra một sự thống nhất cuối cùng thông qua thảo luận. Không có sự ưu tiên giữa học viên được và không được phân công cũng như học viên dự thính.
  • Bạn muốn liên lạc với học viên trong cùng 1 nhóm? Bạn có thể gửi tin nhắn trực tiếp đến học viên đó, hoặc các học viên có thể thảo luận với nhau về bất kỳ việc gì trên tờ giấy nháp của từng nhóm (Nhóm 1, Nhóm 2, Nhóm 3)
  • Nếu có bất kỳ ý kiến, khó khăn gì nảy sinh trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, hãy viết ở khung bình luận phía dưới.



Các tuần khác

  1. Tuần 1
  2. Tuần 2
  3. Tuần 3
  4. Tuần 4
  5. Tuần 5
  6. Tuần 6
  7. Tuần 7
  8. Tuần 8
  9. Tuần 9
  10. Tuần 10
  11. Tuần 11
  12. Tuần 12

Liên kết đến đây

Xem thêm liên kết đến trang này.