Lecture:Phân loại học phân tử/Tasks/12

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

Dưới đây là những nhiệm vụ cụ thể mà từng học viên cần thực hiện. Sau khi hoàn thành xin hãy đánh dấu X vào Bảng đánh giá nhiệm vụ từng cá nhân.

Tuần 12

Đây là tuần cuối cùng trước khi chia tay mà không có champagne. Nhưng tất cả những học viên còn đọc bài này thì xứng đáng với vòng nguyệt quế. Chúng ta một lần nữa xem lại công bố khoa học chung của cả nhóm và trình bày lại những kết quả này dưới dạng poster và ppt. Tôi có 1 vài kinh nghiệm thú vị mà chắc hẳn các bạn muốn nghe.

Tuần này chúng ta bắt đầu cuộc thám hiểm trên ngân hàng NCBI nơi lưu trữ không chỉ mỗi dữ liệu DNA mà còn dữ liệu về công bố khoa học, trình tự protein, mức độ biểu hiện, cấu trúc không gian của protein .v.v. (vi:Entrez). Trong một khu rừng dữ liệu như vậy, để khỏi bị lạc đường chúng ta luôn phải giữ trong đầu mục đích của chúng ta là tìm kiếm dữ liệu về nucleotide. Để tìm kiếm dữ liệu cần tìm, chúng ta có thể bắt đầu bằng số hiệu của 8 trình tự do nhóm Lê TB et al. đã công bố (ta gọi ngắn gọn là 8 trình tự khởi điểm). Hoặc cách khác là tìm kiếm bằng các khóa từ liên quan đến khóa phân loại (taxon) như tên Latin của vi:Bộ Rùavi:Họ Ba ba. Xem lại bài Tổng quan các ý kiến phân loại về Rùa Hồ Gươm để xác nhận chính xác trình tự cần dùng.

Khi làm việc với các trình tự DNA, để tương thích với nhiều phần mềm và cơ sở dữ liệu khác nhau, cách tốt nhất là chúng ta download và lưu trữ trình tự dưới dạng format FASTA. Các thông tin về dữ liệu DNA mà chúng ta cần giữ lại trong phần tiêu đề gồm: số hiệu trình tự, tên loài và chủng, tên gene.

Trong phân tích phân loại học phân tử, về mặt nguyên tắc, chúng ta càng thu thập càng nhiều dữ liệu thì kết quả phân tích càng khách quan và sát với thực tế. Lý tưởng nhất là chúng ta thu thập toàn bộ 3 gene (cyt b, nad 4 và 16S) của các trình tự trong vi:Bộ Rùa. Tuy nhiên, dữ liệu như vậy là tương đối lớn đối với người mới tập sự phân tích trình tự. Thế nên bài tập của tuần này là thu thập toàn bộ 3 gene (cyt b, nad 4 và 16S) của các trình tự trong vi:Họ Ba ba (bao gồm cả 8 trình tự khởi điểm) và 3 đại diện của từng họ khác thuộc vi:Bộ Rùa (mỗi đại diện thuộc 1 loài khác nhau và chọn loài đã xác định chính xác tên loài, tránh dùng loài có tận cùng .spp). Thống kê sự có mặt của các trình tự này tại Dữ liệu DNA hiện có về Rùa và lưu lại file tổng hợp các trình tự dạng FASTA (file dạng TXT) với các gene để riêng nhau tại Lecture:Phân loại học phân tử/Thời gian biểu.

Một cách phân công tương đối, nhóm 1 chịu trách nhiệm nhóm gene cyt b, nhóm 2 là gene nad 4 và nhóm 3 là gene 16S cùng với 8 trình tự khởi điểm.

  1. Thống kế số lượng trình tự của gene quan tâm hiện đang có mặt trên NCBI từ các loài thuộc vi:Bộ Rùa và đặc biệt chú ý đến vi:Họ Ba ba. Ghi lại kết quả trên Dữ liệu DNA hiện có về Rùa. Đánh dấu những mẫu thuẫn có thể phát sinh về khóa phân loại khác nhau (xem lại bài trước). Đánh dấu những trình tự đã và chưa phân loại chính xác; đánh dấu những trình tự được thu từ Việt Nam.
  2. Download trình tự dạng FASTA của 1) toàn bộ các trình tự của gene quan tâm thuộc vi:Họ Ba ba và 2) 3 đại diện của từng họ khác thuộc vi:Bộ Rùa (mỗi đại diện thuộc 1 loài khác nhau và chọn loài đã xác định chính xác tên loài, tránh dùng loài có tận cùng .spp). Đánh dấu và phân loại những trình tự sẽ sử dụng để cho các phân tích tiếp theo tạiDữ liệu DNA hiện có về Rùa. Về các trình tự đại diện các Họ trong Bộ Rùa, các nhóm (với các gene quan tâm khác nhau) cần thảo luận để lấy trình tự thuộc cùng 1 loài.
  3. Dùng phần mềm Text editor như Notepad hoặc MS Word để sửa lại tiêu đề của trình tự, chỉ giữ lại thông tin về số hiệu trình tự, tên loài và chủng. (Tên gene có thể không cần nếu chúng ta chỉ download 1 trong 3 loại gene quan tâm và giữ các nhóm gene ở các file riêng biệt). Đặc biệt cẩn thận không xóa hoặc thay đổi phải các dữ liệu trình tự A,C,T,G,N. Mỗi học viên cần lưu riêng file của mình ở máy tính hoặc trong hòm thư để còn kiểm tra lẫn nhau. Lưu file được sửa thành 1 phiên bản khác với phiên bản gốc (download từ NCBI).
  4. Tham gia thảo luận tại Thảo luận:Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa#Chủ đề 2 về vấn đề "Liệu dữ liệu về DNA (phân loại học phân tử) có thể thay thế hoàn toàn phân loại truyền thống không? Tại sao". Mỗi cá nhân cần phải đưa ra quan điểmm của mình và những nhận xét, lập luận ủng hộ.
  5. Tìm hiểu và suy nghĩ thêm về cách sắp xếp thí nghiệm so sánh trình tự cho hợp lý để giải quyết bài toán về vị trí phân loại của Rùa Hồ Gươm. Viết lại tất cả những băn khoăn có thể có tại Thảo luận:Tổng quan các ý kiến phân loại về Rùa Hồ Gươm. Mỗi cá nhân cần phải tham gia thảo luận về từng băn khoăn được nêu ra tại đây.
  6. Tổng hợp lại kinh nghiệm tìm kiếm, lựa chọn định dạng, download trên ngân hàng NCBI tại Kinh nghiệm làm việc với NCBI.

Lưu ý

  • Hãy viết ngay các thông tin mà bạn thu thập được hoặc đang phân tích lên các trang wiki của cả nhóm. Đừng chờ đến cuối tuần sau khi hoàn chỉnh khá khá mới đăng lên. Thứ 1, bạn không phải cảm thấy ngại khi nghĩ rằng bản thân làm trang wiki rối rắm thiếu hoàn chỉnh. Bởi vì, nhiều học viên khác sẽ có thể học được ngay nhưng điều bạn khám phá chứ không chờ đến cuối tuần. Thứ 2, đấy là cơ hội tốt để bạn rèn luyện kỹ năng thảo luận và hợp tác trong nhóm các học viên. Thứ 3, ngay cả khi bạn lỡ tay gây ra một sửa đổi gì đó cực kỳ tệ hại, không phải hoảng hốt, code wiki cho phép bạn phục hồi lại những gì bạn đã gây ra (UNDO) bằng cách vào phần lịch sử của trang
  • Các bài viết và luồng thảo luận không đóng lại ngay khi hết hạn thời gian cho bài học mà sẽ để mở cho phép bạn bổ sung thêm nhưng điều mà bạn phát hiện mới, thậm chí sau khi khóa học này kết thúc. Nói cách khác, khi bạn đang học ở tuần thứ 4 nhưng hoàn toàn có thể và nên sửa lại thông tin của tuần thứ 1 cho chính xác hơn, đầy đủ hơn.
  • Việc phân chia nhiệm vụ cho các nhóm chỉ có tính tương đối. Mỗi học viên được trông đợi thực hiện tất cả các nhiệm vụ của khóa học và thường xuyên so sánh kết quả của mình với nhóm được yêu cầu thực hiện. Nếu bạn muốn bổ sung thêm thông tin hoặc có ý kiến thảo luận, hãy trực tiếp làm việc đó mà không cần phải xin phép trước. Ngược lại, nếu có học viên nhóm khác tham gia nhiệm vụ của bạn, hãy tận dụng cơ hội đó để học hỏi lẫn nhau và cùng đưa ra một sự thống nhất cuối cùng thông qua thảo luận. Không có sự ưu tiên giữa học viên được và không được phân công cũng như học viên dự thính.
  • Bạn muốn liên lạc với học viên trong cùng 1 nhóm? Bạn có thể gửi tin nhắn trực tiếp đến học viên đó, hoặc các học viên có thể thảo luận với nhau về bất kỳ việc gì trên tờ giấy nháp của từng nhóm (Nhóm 1, Nhóm 2, Nhóm 3)
  • Nếu có bất kỳ ý kiến, khó khăn gì nảy sinh trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, hãy viết ở khung bình luận phía dưới.



Các tuần khác

  1. Tuần 1
  2. Tuần 2
  3. Tuần 3
  4. Tuần 4
  5. Tuần 5
  6. Tuần 6
  7. Tuần 7
  8. Tuần 8
  9. Tuần 9
  10. Tuần 10
  11. Tuần 11
  12. Tuần 12

Liên kết đến đây

Xem thêm liên kết đến trang này.