Lecture:Phân loại học phân tử/Nhóm 1

Từ Thư viện Khoa học VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm


Danh sách học viên theo nhóm 1
 
Raphael
 1.1 Hồ Hữu ThọLớp trưởng (hoạt động, nhắn tin)

 1.2 Lê Thị Thảo (hoạt động, nhắn tin)

 1.3 Trần Thị Liên (hoạt động, nhắn tin)

Portal: Giới thiệu - Nhiệm vụ - Tài liệu - Thời gian biểu - Bài tập - Blog - Giảng đường chung - Phòng họp nhóm: 1, 2, 3 - tất cả

Bản nháp của nhóm

Xử lý các trình tự cytb sau khi cắt và realign: sử dụng phần mềm Jalview cho hệ điều hành MacBook Pro.

- Cắt thêm đầu 3' từ nucleotide số 451 (đến 480): do khác nhiều với các trình tự lân cận

- Không cắt thêm đầu 5': có vẻ không khác nhiều so với các trình tự lân cận

- Loại bỏ các trình tự sau (ngắn hơn trình tự tiêu bản): AF159030.1|GQ867692.1|HM921194.1|EF558363.1|EF558361.1|

- Tổng số trình tự còn lại: 168

- Chiều dài mỗi trình tự: 447 nu

- Thử realign lại xem có thay đổi gì không: không thay đổi

Bước tiếp theo là tính khoảng cách di truyền, nhưng trước hết phải thay đổi tên của trình tự phải không nhỉ? Vì phần mềm thấy chỉ hiện số hiệu trình tự chứ không thấy tên loài. Thảo, anh Hiếu và Trang đã thảo luận về việc gán tên loài ở đâu đó rồi phải không nhỉ?

Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 21:03, 13/6/2011 (ICT)

Mình thấy ở thanh công cụ có "Calculate Tree", đây có phải là chỗ để tạo cây không nhỉ? Sau khi chọn nó, mình lại thấy có 4 lựa chọn khác nhau mà không biết cần phải chọn cái nào. Chắc các bạn trong lớp đều không dùng phần mềm Jalview phải không?


Nhắn tìm đồng đội

Được chứ, còn tốt cho mình nữa vì mình sẽ có dịp được ôn lại những thứ đã học, miễn là Trang đừng có hỏi khó quá.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 18:44, 26/5/2011 (ICT)

Vâng, anh bị bắt cóc rồi về được mà ko mất tiền chuộc là may rồi ạ, he.. cả lớp cũng chỉ đang mang kết quả của anh Thảo lên "chặt chém" thôi ạ, em cũng chưa làm được gì. Anh thấy không hiểu thì cứ mời anh Hiếu gia sư riêng cho mấy buổi, chắc anh ấy không lấy đắt đâu ạ. Mà anh đuổi theo từ từ thôi để mấy hôm nữa em thi xong đỡ bị chóng mặt, vì em còn đang gặp khó khăn trong việc... download trình tự, mấy hôm nữa em sẽ hỏi anh được chứ ạ.

Lê Thị Trang (thảo luận) 18:26, 26/5/2011 (ICT)


Trẻ lạc bị bắt cóc vài tuần nay, nên không theo dõi được thường xuyên những hướng dẫn của anh Hiếu và trao đổi của các bạn. Chắc vì thế nên đọc trao đổi của các bạn thấy hơi bị đuối sức. Cuối tuần này sẽ có thời gian để đọc một lượt xem có theo được các bạn không. Nếu mình giúp được gì thì Trang cho biết nhé.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 18:05, 26/5/2011 (ICT)


Nhắn tìm "trẻ" lạc:

Anh Thọ mấy hôm nay trốn học đi đâu rồi ạ? Đọc được tin này anh về ngay nhé, cả lớp đang mong tin anh.

Em Trang đang làm lại từ đầu nên đang cần anh Thọ giúp đỡ nhiều lắm ạ.

Lê Thị Trang (thảo luận) 13:57, 26/5/2011 (ICT)


Tôi đã download tất cả các trình tự của gen cytb của họ vi:Họ Ba ba và đưa lên tại Tập tin:Cyt b.doc. Các bạn nhóm 1 vào xem qua cho ý kiến và chúng ta sẽ cùng thảo luận những việc cần làm ngay trong tuần này của nhóm và phối hợp với các nhóm khác
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 01:45, 30/3/2011 (ICT)
Liên và L.Thảo vẫn chưa hoàn thành nhiệm vụ số 5 của tuần chuẩn bị, có thể các bạn chưa hiểu nhiệm vụ này. Đây là trang có tất cả các trang của khóa học (Trang tổng hợp), các bạn mở trang này ra rồi click để mở tất cả các link có trong trang này. Sau khi mở mỗi trang ra thì các bạn cần nhấn vào nút Hay! để được cập nhật thông tin mới nhất từ bất cứ trang nào của khóa học (Thật sự là rất hay!)¨
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 10:25, 11/3/2011 (ICT)
Bảng giờ online đang bị biến dạng nên không thấy hết người online của thứ 7. Nếu cần thiết có thể phục hồi lại thời điểm trước khi bạn L. Thảo bổ sung và bạn L.Thảo sẽ đăng ký lại bảng giờ online của mình?
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 10:20, 11/3/2011 (ICT)

Thảo và Liên chắc cũng là người mới làm quen với cách học mới này giông với mình. Mấy hôm đầu mình thấy mọi thứ khá rắc rối và khó sử dụng, nhưng mày mò một lúc thì thấy cũng đơn giản và có nhiều cái hay nữa. Để đỡ tốn thời gian mày mò trong thời gian đầu, nếu gặp khó khăn gì trong việc hoàn thành nhiệm vụ học tập được giao thì hai bạn cứ viết vào đây để chúng ta cùng thảo luận nhé.

Hai bạn đã rõ nhiệm vụ của tuần chuẩn bị và tuần 1 chưa? Khi nào hoàn thành các nhiệm vụ nào thì các bạn nhớ đánh giấu vào bảng hoàn thành nhiệm vụ và chúng ta sẽ thảo luận thực hiện nhiệm vụ của tuần 1.
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 22:56, 8/3/2011 (ICT)

Kinh nghiệm của mình đơn giản nhất về vấn đề wiki là nhấn edit bài của người khác, copy code đó vào bài của mình, nhanh hơn là xem trợ giúp :D

Sau đó, ấn nút Xem thử để biến chắc chắn là thay đổi đúng theo ý mình, trước khi ấn nút Lưu.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 16:27, 8/3/2011 (ICT)

Trang tổng hợp chung của nhóm

Rùa Hồ Gươm có thể là một loài rùa mới với danh pháp là Rafetus leloii[2], tuy nhiên các tài liệu khác lại cho rằng hoặc đó là một loài giải lớn với danh pháp Pelochelys bibronii (Sách đỏ Việt Nam năm 1992) hay Rafetus swinhoei [3].(trích) Hai chi này giống nhau đến mức nào mà các tác giả lại không thống nhất xếp được rùa hồ gươm vào một chi nhất định nào nhỉ?
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 01:43, 11/3/2011 (ICT)


Đặc điểm chung của chi Pelochelys và Rafetus
Hình thái
 Tiêu chí   Chi Pelochelys   Chi Rafetus
 BDL max  > 600 mm  > 600 mm
 Vòi mũi  vòi mũi ngắn hơn đường kính ổ mắt  vòi mũi ngắn
 Xương sống, xương sườn  Có 8 xương sống (đôi khi có 7) và 8 đôi xương sườn, đôi thứ 8 không tiêu giảm và tiếp xúc nhau ở giữa.  Thường có 7 xương sống, đôi khi có xương sống thứ 8 rất nhỏ, tách biệt hẳn với xương sống thứ 7; có 8 đôi xương sườn, đôi xương sườn thứ 8 tiêu giảm rất nhỏ tiếp xúc nhau gần như hoàn toàn ở giữa
 Yếm  Yếm có 4-5 chai  Yếm chỉ có 2 chai nhỏ
 Đuôi  Đuôi rất ngắn  
 Xương sọ  Xương sọ rộng và dẹp, chiều cao ngắn hơn so với chiều rộng (tỉ lệ giữa chiều cao/chiều rộng sọ = 5-6/10), xương lá mía tiếp xúc với xương gốc bướm.  Xương sọ lớn, chiều cao xấp xỉ chiều rộng (tỉ lệ giữa chiều cao/chiều rộng sọ = 8-9/10).
 Xương gò má  xương gò má bị ngăn cách với đỉnh bởi xương sau ổ mắt  xương gò má tiếp xúc với cả xương đỉnh và xương sau ổ mắt
 Lỗ gian hàm dưới sau  được bao bọc hoàn toàn bởi xương trước khớp  không được bao bọc hoàn toàn bởi xương trước khớp
 Xương trước hàm  thường biến mất  tồn tại
 Tỉ lệ trung bình giữa chiều dài của lỗ gian hàm trên so với khẩu cái nguyên sinh  khoảng 0,07  0,2-0,4 ở loài Rafetus swinhoei
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 00:24, 11/3/2011 (ICT)

Một số câu hỏi và vấn đề cần thảo luận

Trong giống có một số loài. Giống với loài khác nhau thế nào?
Giống là tương đương với chi; nghĩa là một đơn vị phân loại cấp trên của loài, bao gồm nhiều loài trong đó. Một tên loài (danh pháp khoa học) là danh pháp gồm 2 phần: tên giống và tên loài. Xem thêm vi:Danh pháp khoa học, vi:Danh pháp hai phần, vi:Danh pháp ba phần.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 22:32, 8/3/2011 (ICT)

Trong họ ba ba (trionychidae), có giống Pelochelys và giống Rafetus. Các loài thuộc hai giống này được gọi là giải. Thế thì rùa liên quan thế nào với ba ba và giải nhỉ? Về mặt phân loại học thì rùa là tên gọi để chỉ cái gì: rùa là một loại giải hay rùa với giải là một... Giải là tên thường gọi của các loại ba ba cỡ lớn, và về mặt phân loại thì giải là tên gọi chung cho các loài thuộc giống Pelochelys và giống Rafetus (trích). Vậy có phải tất cả các loài thuộc hai giông này đều là ba ba cỡ lớn?
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 20:50, 8/3/2011 (ICT)
Tôi viết bài này Ba ba là một loài rùa? theo ý hiểu của mình. Chỉ đọc tham khảo chứ ko phải là cái gì đó chính xác.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 22:32, 8/3/2011 (ICT)

Theo bài viết của anh Hiếu thì rùa là tên của bộ, ba ba là tên của họ, nên không thể nói là loài rùa, loài ba ba?

Khi đặt tên cho 1 Bộ gồm rất nhiều loài, người ta có lẽ chọn ra 1 loại đại diện để đặt tên. Do đó, không phải tất cả các loài trong Bộ Rùa đều là rùa thật. Nói cách khác, rùa, giải, hay ba ba là tên thông thường không phải là tên khoa học nên không có tính thống nhất và xác định mối quan hệ tiến hóa rõ ràng.
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 14:16, 11/3/2011 (ICT)
Hình như khái niệm loài (species) là gì thì hiện nay vẫn còn chưa thống nhất phải không nhỉ?
Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 01:32, 12/3/2011 (ICT)
Good point! đọc thêm ở Why Should We Care about Species? Thọ và mọi người có thể tóm tắt bài này được k?
Cao Xuân Hiếu (thảo luận) 01:47, 12/3/2011 (ICT)

Thảo luận nhanh

Liên kết đến đây

Xem thêm liên kết đến trang này.