Thành viên:Cao Xuân Hiếu/Note: Tách DNA từ lá cacao

Từ VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm

Problem: Dùng protocol chuẩn của QIAGEN - DNeasy Plant Mini Kit và kết quả là ko có hoặc 1 lượng DNA rất ít, ko detect được bằng Biophotometry.

Như vậy có thể có 4 vấn đề:

  • 1. Vấn đề ở khâu phá tế bào
  • 2. Vấn đề ở bộ kit
  • 3. Vấn đề ở máy Biophotometry (hoặc cách detect DNA)
  • 4. Vấn đề ở bản thân lá cacao

1. Phá tế bào:

  1. thử dùng mẫu tươi mới thu (loại bỏ sai sót khâu bảo quản) => kết quả vẫn âm tính
  2. bảo đảm thu mẫu lá là lấy mô thịt (bỏ gân, sơ). Lá non, mới mọc. Bảo đảm lượng mẫu dùng là đủ. Tăng gấp đôi lượng mẫu đầu vào để kiểm tra.
  3. thay việc phá tế bào bằng nghiền cối chày sứ trong N2 lỏng với phá tế bào bằng máy TissueLyser (nhanh và nghiền tốt hơn)

2. Vấn đề ở kit

  1. kiểm tra hạn sử dụng của kit và các hóa chất. Pha lại các hóa chất cần chuẩn bị.
  2. Tick.svgthử tách bằng các mô lá của cây khác để bảo đảm kit vẫn sử dụng tốt, hiệu suất vẫn đúng như mô tả
  3. xác định nguyên nhân nằm ở trước hay sau bước đưa lên cột. Tủa DNA bằng isopropanol với dịch thu được trước khi đưa lên cột và sau khi chạy qua cột. Rất nhiều những trục chặc liên quan đến kit loại này là do màng trên cột ko activate được để giữ DNA. Kết quả là DNA nằm ở dịch lọc qua màng.

3. Vấn đề nằm ở định lượng DNA

  1. thử load vài ul dịch DNA lên trên gel hoặc dùng Nanodrop để kiểm tra

4. Vấn đề nằm ở lá cây cacao

  1. khi mà toàn bộ quá trình trên đều work bình thường trên lá cây khác, thì khả năng cao là do lượng Phenolics trong lá loài này.
  2. thử tách bằng quy trình CTAB hoặc protease K và các quy trình khác theo NEATTILL: A simplified procedure for nucleic acid extraction from arrayed tissue for TILLING and other high-throughput reverse genetic applications
Lấy từ “https://tusach.thuvienkhoahoc.com/index.php?title=Thành_viên:Cao_Xuân_Hiếu/Note:_Tách_DNA_từ_lá_cacao&oldid=81817”