Thành viên:Cao Xuân Hiếu/Note: Sinh lý tế bào vi khuẩn

• Hệ thống nhận biết mật độ (quorum sensing) của vi khuẩn thường tập trung ở nhóm Lux proteins. Ở Rhodopirellula có 3 proteins (RB9402, RB9404 và RB7590) thường được chú thích là các (zinc) proteinases.
• Reva 2008 cho rằng vi khuẩn cần những gene có kích thước lớn (tạo các protein to) thường là dành cho protein bề mặt hoặc enzyme tổng hợp polyketide/non-ribosomal peptide. Phần lớn protein bề mặt có tính acid, giầu threonine, ko có cystein và chứa nhiều trình tự aa lặp. Có lẽ protein khổng lồ có tác dụng như những vũ khí tấn công hoặc phòng thủ đối với các thiên địch của vi khuẩn.
• Weiner et al 2008 giải mã trình tự hệ gene của vi khuẩn Saccharophagus degradans, một vi khuẩn biển chuyên phân hủy carbonhydrate. Tác giả cho rằng vi khuẩn này mang 1 lượng lớn enzyme phân hủy. Đồng thời tác giả có quan sát thấy có sự tổ hợp "bất thường" của những module gắn cơ chất với module thủy phân. Người phản đối cho rằng nhóm tác giả đã bị bias số liệu về nhóm polysaccharide lyases trong khi đáng nhẽ phải mở rộng cho toàn bộ hệ enzyme thủy phân carbonhydrate.
• Trên CAZy database cho thấy R. baltica có 33 Glycoside Hydrolase Family, 60 GlycosylTransferase Family, 5 Polysaccharide Lyase Family, 24 Carbohydrate Esterase Family, 7 Carbohydrate-Binding Module Family (tổng 129, ~ 17,9 gene trên megabase). So với Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) có số gene liên quan phân hủy polysacharide cao nhất gồm 82 predicted glycosyl hydrolases, 45 glycosyl transferases, 5 polysaccharide lyases, 18 carbohydrate esterases and 2 carbohydrate binding proteins (tần số 29.9 gene trên megabase, tổng 152). So với Saccharophagus degradans 2-40, số gene tương ứng là 128, 37, 32, 15 và 136 (khủng tổng 348 gene, 69.6 gene trên megabase) => good point
• Nhóm protein MoxR AAA+ là một nhóm protein có hoạt tính ATPases khá đa dạng được phát hiện ở giới vi khuẩn và Archaea mà không có ở eukaryote. Dựa vào tính tương đồng của trình tự có thể chia các protein trong nhóm này thành 7 nhóm nhỏ gồm MoxR Proper (MRP), TM0930, RavA, CGN, APE2220, PA2707, và YehL. Những protein này được cho là có chức năng giống chaperone và có lẽ tương tác với các protein có domain VWA để gắn những cofactor kim loại để hoạt hóa hoặc tạo cấu trúc chức năng của các protein hoặc các phức hệ protein. Trong số các nhóm MoxR thì nhóm MoxR proper (MRP)là nhóm lớn nhất (287/596 trình tự, 48.2%) và phổ biến nhất (155/275 loài). Trong tất cả các loài nghiên cứu thì Rhodopirellula baltica SH1 là loài có nhiều trình tự MRP nhất (15 trình tự). MRP không có mặt ở bất kỳ vi khuẩn enterobacteria nào. Ngoài MRP, R. baltica còn có 1 đại diện của nhóm YehL và TM0930. Một số dữ liệu cho thấy MoxR có chức năng đối với những protein nằm sát cạnh trên genome, ví dụ các enzyme methanol dehydrogenase (MDH).
• Tripartite drug efflux pumps:
  • Three's company: component structures bring a closer view of tripartite drug efflux pumps
  • Bacterial Multidrug Efflux Pumps Serve Other Functions
  • Assembly of the MexAB-OprM Multidrug Pump of Pseudomonas aeruginosa: Component Interactions Defined by the Study of Pump Mutant Suppressors
• Annual Review of Microbiology
  • The Impact of Genome Analyses on Our Understanding of Ammonia-Oxidizing Bacteria
  • Cytoskeletal Elements in Bacteria
  • Biogenesis of the Gram-Negative Bacterial Outer Membrane
• TRAP
  • Tripartite ATP-Independent Periplasmic Transporters: Application of a Relational Database for Genome-Wide Analysis of Transporter Gene Frequency and Organization

Liên kết đến đây

• Thành viên:Cao Xuân Hiếu/Sinh lý tế bào vi khuẩn