Thành viên:Cao Xuân Hiếu/Note: thử với cytb

Từ VLOS
Bước tới: chuyển hướng, tìm kiếm
  • Sử dụng trình tự cytb của "cytb_Trionychidae_new.sequence.fas" từ Thọ upload
  • đổi tên và move 3 trình tự LTB lên trên cùng cho dễ nhìn => seq1_trinh tu dau vao.fas
  • Chạy ClustalW trên BioEdit => seq2_ket qua bat cap ho Baba.aln, seq2_ket qua bat cap ho Baba.fas, (mất ít nhất 4h)
  • Nhận thấy tên để dài quá nên bị cắt
  • Loại những trình tự khác hoàn toàn với các trình tự còn lại (nghi ngờ nguồn gốc trình tự)
  1. AF159030.1| Apalone ferox
  2. EF558363.1| Lissemys punctata punctata
  3. GQ867692.1| Lissemys scutata.v.2009-LS-001
  4. HM921194.1| Lissemys punctata andersoni
  5. EF558361.1| Aspideretes gangeticus (vì ngắn hơn tiêu bản)
  • Save trình tự thành seq2b_ket qua bat cap ho Baba sau khi loai trinh tu nhieu.aln, seq2b_ket qua bat cap ho Baba sau khi loai trinh tu nhieu.fas
  • Loại bỏ các đoạn trình tự không quan tâm
    • Đầu 3' cắt sâu hơn vài chục nu ngoài cùng vì trên RHG quá khác so với các trình tự còn lại (nghi ngờ vẫn còn trình tự của plasmid hoặc primer)
    • Đầu 5'cắt bằng trình tự RHG
  • Save trình tự thành seq2c_ket qua bat cap ho Baba sau khi loai doan khong quan tam.aln, seq2c_ket qua bat cap ho Baba sau khi loai doan khong quan tam.fas
  • Loại bỏ gap trên toàn bộ các trình tự hiện hành, bắt cặp ClustalW lại, tính cây NJ với bootstrap 1000, thông số alignment default (mất chưa dến 30min)
  • Kết quả được seq3_ket qua bat cap ho Baba.aln, seq3_ket qua bat cap ho Baba.fas, seq3_ket qua bat cap ho Baba.nex, (không có tree nào xuất hiện)
  • Tập tin:CytbBabaHieu280411.7z (dùng 7zip để giải nén)
  • Chạy trên MEGA5, cây NJ bootstrap 500, khoảng cách di truyền tính theo Maximum Composite Likelihood (với tổng 168 trình tự, dài 480 nucleotides) (mất khoảng 30min)
Lấy từ “https://tusach.thuvienkhoahoc.com/index.php?title=Thành_viên:Cao_Xuân_Hiếu/Note:_thử_với_cytb&oldid=78729”